3 – INTRODUCTION À LA CINÉTIQUE ENZYMATIQUE - RÉACTIONS À UN SUBSTRAT ET UN PRODUIT
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Le graphique de v en fonction de [] A est parfois illustré de manière trompeuse
dans certains ouvrages de biochimie et même dans certains ouvrages spécialisés
d’enzymologie. Pour cette raison, les étudiants acquièrent une conception erronée
de la forme de cette courbe et supposent que V peut être estimée à partir d’un
graphique des données expérimentales en l’assimilant à la valeur mesurée de v 0 la
plus élevée. L’erreur la plus courante consiste à dessiner une courbe qui s’aplatit
trop rapidement et donne une asymptote trop proche de la courbe. En réalité, v 0
n’atteint jamais la valeur limite V pour une concentration finie de substrat A,
comme le montre l’examen de l’équation [3.36] ; même quand [] A = 10 K m (une
concentration supérieure à celles habituellement utilisées dans la majorité des
expériences) la valeur de v 0 est toujours inférieure à 90% de la valeur de V.
Ce point peut être appréhendé plus facilement en examinant une portion plus
grande de la courbe définie par l’équation [3.36] que celle examinée dans la
figure 3.7 : une telle vue de la courbe est présentée dans la figure 3.8, qui s’étend
dans les deux directions bien au delà des valeurs habituelles de [] A , allant de zéro
jusqu’à plusieurs fois la valeur de K m . L’inclusion de valeurs négatives sans
signification physique permet de comprendre la relation qui existe entre cette
courbe et les hyperboles étudiées en mathématiques, et montre que la détermination
des valeurs de K m et de V à partir de mesures expérimentales revient à localiser le
point d’intersection des deux asymptotes limitant une courbe infinie à partir
d’observations localisées sur un arc court. L’estimation de K m et de V n’est donc
pas un problème trivial, mais est un problème qui requiert une bonne expertise, et
sur lequel nous reviendrons dans le § 3.8 et au chapitre 12.
[A] = – K m
v = V
[A]
v
3.8 - Dépendance de la vitesse initiale v vis-à-vis de la concentration de [A]
pour une réaction qui obéit à l’équation de MICHAELIS et MENTEN
La partie de la courbe allant de [ A ] = 0 jusqu’à 5 K m , c'est-à-dire la partie ombrée de la
figure, est la même que celle présentée dans la figure 3.7, mais la gamme des valeurs
présentées est beaucoup plus étendue et inclut des valeurs physiquement impossibles, afin
d’illustrer la relation de la courbe avec les deux asymptotes qui se croisent au point (– K m , V).
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Le graphique de v en fonction de [] A est parfois illustré de manière trompeuse
dans certains ouvrages de biochimie et même dans certains ouvrages spécialisés
d’enzymologie. Pour cette raison, les étudiants acquièrent une conception erronée
de la forme de cette courbe et supposent que V peut être estimée à partir d’un
graphique des données expérimentales en l’assimilant à la valeur mesurée de v 0 la
plus élevée. L’erreur la plus courante consiste à dessiner une courbe qui s’aplatit
trop rapidement et donne une asymptote trop proche de la courbe. En réalité, v 0
n’atteint jamais la valeur limite V pour une concentration finie de substrat A,
comme le montre l’examen de l’équation [3.36] ; même quand [] A = 10 K m (une
concentration supérieure à celles habituellement utilisées dans la majorité des
expériences) la valeur de v 0 est toujours inférieure à 90% de la valeur de V.
Ce point peut être appréhendé plus facilement en examinant une portion plus
grande de la courbe définie par l’équation [3.36] que celle examinée dans la
figure 3.7 : une telle vue de la courbe est présentée dans la figure 3.8, qui s’étend
dans les deux directions bien au delà des valeurs habituelles de [] A , allant de zéro
jusqu’à plusieurs fois la valeur de K m . L’inclusion de valeurs négatives sans
signification physique permet de comprendre la relation qui existe entre cette
courbe et les hyperboles étudiées en mathématiques, et montre que la détermination
des valeurs de K m et de V à partir de mesures expérimentales revient à localiser le
point d’intersection des deux asymptotes limitant une courbe infinie à partir
d’observations localisées sur un arc court. L’estimation de K m et de V n’est donc
pas un problème trivial, mais est un problème qui requiert une bonne expertise, et
sur lequel nous reviendrons dans le § 3.8 et au chapitre 12.
[A] = – K m
v = V
[A]
v
3.8 - Dépendance de la vitesse initiale v vis-à-vis de la concentration de [A]
pour une réaction qui obéit à l’équation de MICHAELIS et MENTEN
La partie de la courbe allant de [ A ] = 0 jusqu’à 5 K m , c'est-à-dire la partie ombrée de la
figure, est la même que celle présentée dans la figure 3.7, mais la gamme des valeurs
présentées est beaucoup plus étendue et inclut des valeurs physiquement impossibles, afin
d’illustrer la relation de la courbe avec les deux asymptotes qui se croisent au point (– K m , V).