5 – INHIBITION ET ACTIVATION DES ENZYMES
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caractérise les cinétiques à faibles concentrations de substrat ; inversement, toute
composante anti-compétitive se manifestera principalement aux concentrations
élevées de substrat. Il est donc clair que l’inhibition ne peut être complètement
caractérisée que si elle est mesurée à la fois pour des concentrations faibles et
élevées de substrat. En conséquence, des conditions idéales pour caractériser
l’activité d’un enzyme peuvent se révéler insatisfaisantes pour étudier sa réponse
vis-à-vis d’un inhibiteur. Par exemple, un calcul simple montre qu’un inhibiteur
compétitif présent à une concentration égale à sa constante d’inhibition diminue la
vitesse mesurée par moins de 10% si [] AK m
= 10
; bien qu’un effet de cet ordre de
grandeur devrait être facilement détecté dans une expérience, il pourrait être
considéré comme insignifiant s’il n’est pas réalisé que cet effet est beaucoup plus
important aux faibles concentrations de substrat.
Tout comme dans une expérience simple réalisée en absence d’inhibiteur, il est
prudent d’inclure des valeurs de [] A allant de 0,2 K m jusqu’à des concentrations
aussi élevées que possible (§ 4.3.1), il est souhaitable dans une expérience
d’inhibition d’utiliser des concentrations d’inhibiteur qui s’étendent de 0,2 K ic ou
de 0,2 K iu (dépendamment de celle dont la valeur est la plus faible) jusqu’à des
concentrations aussi élevées que possible, pour autant que la vitesse ne soit pas trop
faible pour être mesurée précisément. Pour chaque valeur de [] I , des valeurs de
[] A doivent être choisies comme décrit dans le § 4.3.1, mais en utilisant comme
référence K m
app et non K m . En effet, ce sont les valeurs apparentes des constantes
cinétiques qui caractérisent le comportement cinétique pour chaque concentration
d’inhibiteur et non les valeurs réelles. Un exemple simple du choix de conditions
expérimentales est présenté dans le tableau 5.3, qui montre qu’il n’est pas nécessaire d’utiliser un même ensemble de valeurs de [] A pour chaque concentration
d’inhibiteur ou un même ensemble de valeurs de [] I pour chaque concentration
de substrat. Une telle pratique signifierait très certainement qu’une partie des
expériences réalisées fournirait peu d’information utile. Malgré cela, pour présenter
les résultats sous la forme d’un des graphiques décrits dans le § 5.3, il est utile de
réaliser des mesures pour des gammes communes de valeurs de [] A et de [] I
dans chaque expérience, de sorte qu’un nombre raisonnable de points apparaissent
sur chaque droite, que [] A soit utilisé comme abscisse (par exemple pour
déterminer les paramètres apparents de MICHAELIS et MENTEN pour chaque valeur
de [] I ) ou que [] I soit utilisé comme abscisse (par exemple, dans les graphiques
où 1 v ou [] Av est porté en fonction de [] I ). Ainsi, le tableau 5.3 inclut
plusieurs combinaisons qui ne seraient certainement pas incluses si chaque rangée
du tableau était considérée séparément.
Si ces recommandations sont suivies (comme guide, bien sûr, puisque les nombres
particuliers utilisés dans le tableau 5.3 ne sont vraisemblablement pas utilisables
dans un autre exemple), la présence d’une composante hyperbolique dans l’inhibition devrait être décelable sans avoir recours à des expériences supplémentaires.
En conséquence, il n’est pas nécessaire d’ajouter de commentaire supplémentaire à
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caractérise les cinétiques à faibles concentrations de substrat ; inversement, toute
composante anti-compétitive se manifestera principalement aux concentrations
élevées de substrat. Il est donc clair que l’inhibition ne peut être complètement
caractérisée que si elle est mesurée à la fois pour des concentrations faibles et
élevées de substrat. En conséquence, des conditions idéales pour caractériser
l’activité d’un enzyme peuvent se révéler insatisfaisantes pour étudier sa réponse
vis-à-vis d’un inhibiteur. Par exemple, un calcul simple montre qu’un inhibiteur
compétitif présent à une concentration égale à sa constante d’inhibition diminue la
vitesse mesurée par moins de 10% si [] AK m
= 10
; bien qu’un effet de cet ordre de
grandeur devrait être facilement détecté dans une expérience, il pourrait être
considéré comme insignifiant s’il n’est pas réalisé que cet effet est beaucoup plus
important aux faibles concentrations de substrat.
Tout comme dans une expérience simple réalisée en absence d’inhibiteur, il est
prudent d’inclure des valeurs de [] A allant de 0,2 K m jusqu’à des concentrations
aussi élevées que possible (§ 4.3.1), il est souhaitable dans une expérience
d’inhibition d’utiliser des concentrations d’inhibiteur qui s’étendent de 0,2 K ic ou
de 0,2 K iu (dépendamment de celle dont la valeur est la plus faible) jusqu’à des
concentrations aussi élevées que possible, pour autant que la vitesse ne soit pas trop
faible pour être mesurée précisément. Pour chaque valeur de [] I , des valeurs de
[] A doivent être choisies comme décrit dans le § 4.3.1, mais en utilisant comme
référence K m
app et non K m . En effet, ce sont les valeurs apparentes des constantes
cinétiques qui caractérisent le comportement cinétique pour chaque concentration
d’inhibiteur et non les valeurs réelles. Un exemple simple du choix de conditions
expérimentales est présenté dans le tableau 5.3, qui montre qu’il n’est pas nécessaire d’utiliser un même ensemble de valeurs de [] A pour chaque concentration
d’inhibiteur ou un même ensemble de valeurs de [] I pour chaque concentration
de substrat. Une telle pratique signifierait très certainement qu’une partie des
expériences réalisées fournirait peu d’information utile. Malgré cela, pour présenter
les résultats sous la forme d’un des graphiques décrits dans le § 5.3, il est utile de
réaliser des mesures pour des gammes communes de valeurs de [] A et de [] I
dans chaque expérience, de sorte qu’un nombre raisonnable de points apparaissent
sur chaque droite, que [] A soit utilisé comme abscisse (par exemple pour
déterminer les paramètres apparents de MICHAELIS et MENTEN pour chaque valeur
de [] I ) ou que [] I soit utilisé comme abscisse (par exemple, dans les graphiques
où 1 v ou [] Av est porté en fonction de [] I ). Ainsi, le tableau 5.3 inclut
plusieurs combinaisons qui ne seraient certainement pas incluses si chaque rangée
du tableau était considérée séparément.
Si ces recommandations sont suivies (comme guide, bien sûr, puisque les nombres
particuliers utilisés dans le tableau 5.3 ne sont vraisemblablement pas utilisables
dans un autre exemple), la présence d’une composante hyperbolique dans l’inhibition devrait être décelable sans avoir recours à des expériences supplémentaires.
En conséquence, il n’est pas nécessaire d’ajouter de commentaire supplémentaire à