Matériel et méthodes
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Tableau 5: Les séquences des amorces utilisées pour la recherche des béta-lactamases.
Gène
Séquences des amorces 5’-3’
Taille
(pb)
Programme
Référence
bla TEM
Up : ATGAGTATTCAACATTTCCG
Low : CCAATGCTTAATCAGTGAGG
858
94°C/10min
30 cycles :
94°C/40sec
52°C/30sec
72°C/40sec
72°C/10min
Yates et al.,
2003.
bla SHV
Up : TTATCTCCCTGTTAGCCACC
Low : GATTTGCTGATTTCGCTCGG
795
94°C/10min
30 cycles :
94°C/40sec
50°C/30sec
72°C/40sec
72°C/10min
Weill et al.,
2004.
bla CTX-M
Up : GGTTAAAAAATCACTGCGTC
Low : TTGGTGACGATTTTAGCCGC
550
94°C/10min
30 cycles :
94°C/40sec
55°C/30sec
72°C/40sec
72°C/10min
Kim et al., 2004.
bla CTX-M-1
Up : GGTTAAAAAATCACTGCGTC
Low : TTGGTGACGATTTTAGCCGC
863
bla PER
PER F : AATTTGGGCTTAGGGCAGAA
PER B : ATGAATGTCATTATAAAAGC
925
bla VEB
VEB-F : CGACTTCCATTTCCCGATGC
VEB-B : GGACTCTGCAACAAATACGC
643
bla GES
Up : ATGCGCTTCATTCACGCAC
Low :CTATTTGTCCGTGCTCAGG
846
ampC MOX
MOX-MF : GCTGCTCAAGGAGCACAGGAT
MOX-MR: CACATTGACATAGGTGTGGTGC
520
94°C/3min
25 cycles :
94°C/30sec
64°C/30sec
72°C/1min
72°C/7min
Pérez-Pérez et
Hanson, 2002.
ampC CIT
CIT-MF :TGGCCAGAACTGACAGGCAAA
CIT-MR:TTTCTCCTGAACGTGGCTGGC
462
ampC DHA
DHA-MF : AACTTTCACAGGTGTGCTGGG T
DHA-MR: CCGTACGCATACTGGCTTTGC
405
ampC ACC
ACC-MF : AACAGCCTCAGCAGCCGGTTA
ACC-MR : TTCGCCGCAATCATCCCTAGC
346
ampC EBC
EBC-MF : TCGGTAAAGCCGATGTTGCGG
EBC-MR : CTTCCACTGCGGCTGCCAGTT
302
ampC FOX
FOX-MF : AACATGGGGTATCAGGGAGAT G
FOX-MR: CAAAGCGCGTAACCGGATTGG
190