Matériel et méthodes
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III.10. Electrophorèse sur gel d’agarose
L’électrophorèse sur gel d’agarose est une technique qui permet de séparer les molécules
chargées selon leur taille respective. Sous l'action d'un champ électrique, les acides
nucléiques étant chargés négativement, vont migrer vers l’anode plus ou moins rapidement
en fonction de leur poids moléculaire et leur conformation (Sambrook et al., 1989).
Les produits des PCR ont été séparés par électrophorèse sur gel d’agarose (12x20 cm) à
1% pour les produits des PCR simplex et 2% pour ceux des PCR multiplex, additionné de
de bromure d’éthidium à 0,5µg/ml, dans le tampon TBE 1X, sous un voltage de 50V
pendant 1h.
Les amplifiâts sont additionnés d’une solution de dépôt (Glycérol 50%, EDTA-Na 2
100mM, pH=8, et bleu de bromophénol 0.2%, SDS 3%.) à raison de 1μl pour 5μl d’ADN.
Après l’électrophorèse, les bandes d’ADN sont visualisées à l’aide d’un transilluminateur à
UV. La taille des produits d’amplification a été déterminée en utilisant le marqueur 100pb
DNA Ladder (Proméga).
- Tampon TBE 10X (pH: 8.3): 890 mM de Tris Base, 890 mM d’acide borique, 19mM
d’EDTA.
IV. Analyse statistique
L’analyse de variance (ANOVA) à l’aide du logiciel STATISTICA 5.1 a été utilisée, pour
étudier l’effet de l’habitat sur les taux de résistance, ainsi que la variation des taux de
résistance selon les molécules d’antibiotiques.
Cette méthode d’analyse consiste à chercher les moyennes qui diffèrent significativement
les unes des autres. Les différences sont considérées comme significatives lorsque la
probabilité calculée P est inférieure à la probabilité théorique P= 0.05 (P<0.05). La
comparaison des moyennes a été effectuée à l’aide du test de la différence significative
(HSD) de Tukey.
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III.10. Electrophorèse sur gel d’agarose
L’électrophorèse sur gel d’agarose est une technique qui permet de séparer les molécules
chargées selon leur taille respective. Sous l'action d'un champ électrique, les acides
nucléiques étant chargés négativement, vont migrer vers l’anode plus ou moins rapidement
en fonction de leur poids moléculaire et leur conformation (Sambrook et al., 1989).
Les produits des PCR ont été séparés par électrophorèse sur gel d’agarose (12x20 cm) à
1% pour les produits des PCR simplex et 2% pour ceux des PCR multiplex, additionné de
de bromure d’éthidium à 0,5µg/ml, dans le tampon TBE 1X, sous un voltage de 50V
pendant 1h.
Les amplifiâts sont additionnés d’une solution de dépôt (Glycérol 50%, EDTA-Na 2
100mM, pH=8, et bleu de bromophénol 0.2%, SDS 3%.) à raison de 1μl pour 5μl d’ADN.
Après l’électrophorèse, les bandes d’ADN sont visualisées à l’aide d’un transilluminateur à
UV. La taille des produits d’amplification a été déterminée en utilisant le marqueur 100pb
DNA Ladder (Proméga).
- Tampon TBE 10X (pH: 8.3): 890 mM de Tris Base, 890 mM d’acide borique, 19mM
d’EDTA.
IV. Analyse statistique
L’analyse de variance (ANOVA) à l’aide du logiciel STATISTICA 5.1 a été utilisée, pour
étudier l’effet de l’habitat sur les taux de résistance, ainsi que la variation des taux de
résistance selon les molécules d’antibiotiques.
Cette méthode d’analyse consiste à chercher les moyennes qui diffèrent significativement
les unes des autres. Les différences sont considérées comme significatives lorsque la
probabilité calculée P est inférieure à la probabilité théorique P= 0.05 (P<0.05). La
comparaison des moyennes a été effectuée à l’aide du test de la différence significative
(HSD) de Tukey.