Chapitre II : Matériel et méthodes
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L’abondance, la fréquence et la densité de chaque espèce, ne sont pas prises en considération dans
la définition de la richesse spécifique (Daget, 1979).
2.2.2.2. Diversité spécifique
2.2.2.2.1. Indice de Shannon et régularité
L'indice de Shannon le plus usité a été utilisé dans cette étude. Il est noté Ish (Daget, 1979) ou H'
(Legendre et Legendre, 1984 ; Frontier, 1999) et son calcul se fait à partir de la formule basée sur
l’abondance ou le poids spécifique et s’exprime en bits (binary digits) :
H’ = −Σ
s
i(í µí±í µí±/Q × í µí±í µí±í µí±2(í µí±í µí±/Q) pour les effectifs (avec qi : abondance spécifique ; Q : effectif total).
Cet indice (H') aura également tendance à sous-estimer la diversité réelle, en raison de l'abondance
ou du poids spécifique (une espèce de faible abondance peut avoir un poids élevé et inversement).
En effet, cette formule a été adaptée pour les poids spécifiques : H’ = − Σ
s
i(í µí±¤í µí±/W × í µí±í µí±í µí±2(í µí±¤í µí±/W)
(avec : wi : poids spécifique ; W : poids total du peuplement considéré).
Les densités théoriques et les biomasses théoriques ajustées par le modèle approprié à partir des
valeurs observées, ont été utilisées dans le calcul. De ce fait, les formules ayant servi au calcul de
l’indice de Shannon s’énoncent comme suit :
H’ = −Σ
s
i(Dnith/DNt × í µí±í µí±í µí±2(Dwí µí±th/DNt) pour les effectifs ;
H’ = − Σ
s
i(Dwí µí±th/DWt × í µí±í µí±í µí±2(Dwí µí±th/DWt) pour les poids.
avec : Dnith = Densité spécifique théorique ; DNt = Somme totale des densités théoriques ; Dwith :
Biomasse spécifique théorique ; DWt : Biomasse théorique totale.
Les valeurs de cet indice se situent, quelles que soient les échelles d’observation et les biocénoses,
dans un intervalle assez étroit allant de valeurs inférieures à 1 pour les communautés très peu
diversifiées, à des valeurs de l’ordre de 4,5 ou un peu plus (exceptionnellement 5) pour les plus
diversifiées (Frontier, 1999).
La régularité (E) de Pielou (1966) est le rapport entre la diversité réelle (H’) et la diversité
maximale (Log2 S). Cette dernière varie de 0 à 1. Elle tend vers 0 quand la quasi-totalité des
effectifs est concentrée sur une espèce. Elle tend vers 1 lorsque toutes les espèces ont une même
abondance. Une équitabilité de 0.8 est généralement considérée comme l’indice d’un peuplement
équilibré (Daget, 1976).
L’indice de la régularité se calcule par l’équation suivante :
í µí°¸ =
H′ (bits)
Log2 (S)
L'interprétation de la diversité a été réalisée essentiellement à l'aide de cet indice.
2.2.2.2.2. Modèles de distribution d’abondance
Parmi les nombreux modèles qui ont été ou seraient susceptibles d’être proposés, les seuls qui
présentent un réel intérêt pratique sont les plus simples (Daget, 1979). Il s’agit des trois modèles :
Motomura (1932) dit log linéaire, Preston (1967) appelé aussi modèle log-normal et le modèle de
Mac Arthur (1957).
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L’abondance, la fréquence et la densité de chaque espèce, ne sont pas prises en considération dans
la définition de la richesse spécifique (Daget, 1979).
2.2.2.2. Diversité spécifique
2.2.2.2.1. Indice de Shannon et régularité
L'indice de Shannon le plus usité a été utilisé dans cette étude. Il est noté Ish (Daget, 1979) ou H'
(Legendre et Legendre, 1984 ; Frontier, 1999) et son calcul se fait à partir de la formule basée sur
l’abondance ou le poids spécifique et s’exprime en bits (binary digits) :
H’ = −Σ
s
i(í µí±í µí±/Q × í µí±í µí±í µí±2(í µí±í µí±/Q) pour les effectifs (avec qi : abondance spécifique ; Q : effectif total).
Cet indice (H') aura également tendance à sous-estimer la diversité réelle, en raison de l'abondance
ou du poids spécifique (une espèce de faible abondance peut avoir un poids élevé et inversement).
En effet, cette formule a été adaptée pour les poids spécifiques : H’ = − Σ
s
i(í µí±¤í µí±/W × í µí±í µí±í µí±2(í µí±¤í µí±/W)
(avec : wi : poids spécifique ; W : poids total du peuplement considéré).
Les densités théoriques et les biomasses théoriques ajustées par le modèle approprié à partir des
valeurs observées, ont été utilisées dans le calcul. De ce fait, les formules ayant servi au calcul de
l’indice de Shannon s’énoncent comme suit :
H’ = −Σ
s
i(Dnith/DNt × í µí±í µí±í µí±2(Dwí µí±th/DNt) pour les effectifs ;
H’ = − Σ
s
i(Dwí µí±th/DWt × í µí±í µí±í µí±2(Dwí µí±th/DWt) pour les poids.
avec : Dnith = Densité spécifique théorique ; DNt = Somme totale des densités théoriques ; Dwith :
Biomasse spécifique théorique ; DWt : Biomasse théorique totale.
Les valeurs de cet indice se situent, quelles que soient les échelles d’observation et les biocénoses,
dans un intervalle assez étroit allant de valeurs inférieures à 1 pour les communautés très peu
diversifiées, à des valeurs de l’ordre de 4,5 ou un peu plus (exceptionnellement 5) pour les plus
diversifiées (Frontier, 1999).
La régularité (E) de Pielou (1966) est le rapport entre la diversité réelle (H’) et la diversité
maximale (Log2 S). Cette dernière varie de 0 à 1. Elle tend vers 0 quand la quasi-totalité des
effectifs est concentrée sur une espèce. Elle tend vers 1 lorsque toutes les espèces ont une même
abondance. Une équitabilité de 0.8 est généralement considérée comme l’indice d’un peuplement
équilibré (Daget, 1976).
L’indice de la régularité se calcule par l’équation suivante :
í µí°¸ =
H′ (bits)
Log2 (S)
L'interprétation de la diversité a été réalisée essentiellement à l'aide de cet indice.
2.2.2.2.2. Modèles de distribution d’abondance
Parmi les nombreux modèles qui ont été ou seraient susceptibles d’être proposés, les seuls qui
présentent un réel intérêt pratique sont les plus simples (Daget, 1979). Il s’agit des trois modèles :
Motomura (1932) dit log linéaire, Preston (1967) appelé aussi modèle log-normal et le modèle de
Mac Arthur (1957).