458
CINÉTIQUE ENZYMATIQUE
5.9. La modification d’un groupe de l’enzyme
comme un moyen d’identifier les groupes essentiels.................................................171
Problèmes .................................................................................................................................174
6 – RÉACTIONS À PLUSIEURS SUBSTRATS ...............................................................................179
6.1. Introduction....................................................................................................................179
6.2. Classification des mécanismes ....................................................................................180
6.2.1. Les mécanismes à complexe ternaire..........................................................................180
6.2.2. Mécanismes à enzyme modifié ...................................................................................183
6.2.3. Comparaison entre la classification chimique et la classification cinétique ............184
6.2.4. Représentation schématique des mécanismes ............................................................187
6.3. Dérivation des équations de vitesse à l'état stationnaire.....................................189
6.3.1. Introduction..................................................................................................................189
6.3.2. La méthode de KING et ALTMAN................................................................................189
6.3.3. La méthode de WONG et HANES.................................................................................193
6.3.4. Modifications de la méthode de KING et ALTMAN ....................................................194
6.3.5. Réactions renfermant des étapes à l'équilibre.............................................................197
6.3.6. Analyse des mécanismes par inspection.....................................................................199
6.3.7. Dérivation des équations de vitesse par ordinateur....................................................202
6.4. Les équations de vitesse...............................................................................................205
6.4.1. Mécanisme de type ordonné à complexe ternaire ......................................................205
6.4.2. Mécanisme de type aléatoire à complexe ternaire......................................................206
6.4.3. Mécanisme à enzyme modifié.....................................................................................208
6.4.4. Calcul des constantes de vitesse à partir des paramètres cinétiques..........................208
6.5. Les mesures de vitesse initiale en absence de produit.............................................210
6.5.1. Signification des paramètres .......................................................................................210
6.5.2. Paramètres apparents de MICHAELIS et MENTEN.......................................................212
6.5.3. Les graphiques primaires pour les mécanismes à complexe ternaire........................213
6.5.4. Les graphiques secondaires.........................................................................................214
6.5.5. Graphiques pour les mécanismes à enzyme modifié .................................................216
6.6. Inhibition par le substrat ..............................................................................................217
6.6.1. Pourquoi y a-t-il une inhibition par le substrat ? ........................................................217
6.6.2. Mécanisme de type ordonné à complexe ternaire ......................................................218
6.6.3. Mécanisme de type aléatoire à complexe ternaire......................................................219
6.6.4. Mécanisme à enzyme modifié.....................................................................................219
6.6.5. Valeur diagnostique de l'inhibition par le substrat .....................................................220
6.7. Inhibition par le produit .................................................................................................221
6.8. Préparation des expériences .........................................................................................223
6.9. Un exemple simple d'étude d'un enzyme à deux substrats et deux produits :
la créatine kinase ...........................................................................................................224
6.9.1. Application pratique de la mesure des paramètres pour la créatine kinase...............228
6.10. Réactions à trois substrats et plus ...............................................................................229
Problèmes .................................................................................................................................233
CINÉTIQUE ENZYMATIQUE
5.9. La modification d’un groupe de l’enzyme
comme un moyen d’identifier les groupes essentiels.................................................171
Problèmes .................................................................................................................................174
6 – RÉACTIONS À PLUSIEURS SUBSTRATS ...............................................................................179
6.1. Introduction....................................................................................................................179
6.2. Classification des mécanismes ....................................................................................180
6.2.1. Les mécanismes à complexe ternaire..........................................................................180
6.2.2. Mécanismes à enzyme modifié ...................................................................................183
6.2.3. Comparaison entre la classification chimique et la classification cinétique ............184
6.2.4. Représentation schématique des mécanismes ............................................................187
6.3. Dérivation des équations de vitesse à l'état stationnaire.....................................189
6.3.1. Introduction..................................................................................................................189
6.3.2. La méthode de KING et ALTMAN................................................................................189
6.3.3. La méthode de WONG et HANES.................................................................................193
6.3.4. Modifications de la méthode de KING et ALTMAN ....................................................194
6.3.5. Réactions renfermant des étapes à l'équilibre.............................................................197
6.3.6. Analyse des mécanismes par inspection.....................................................................199
6.3.7. Dérivation des équations de vitesse par ordinateur....................................................202
6.4. Les équations de vitesse...............................................................................................205
6.4.1. Mécanisme de type ordonné à complexe ternaire ......................................................205
6.4.2. Mécanisme de type aléatoire à complexe ternaire......................................................206
6.4.3. Mécanisme à enzyme modifié.....................................................................................208
6.4.4. Calcul des constantes de vitesse à partir des paramètres cinétiques..........................208
6.5. Les mesures de vitesse initiale en absence de produit.............................................210
6.5.1. Signification des paramètres .......................................................................................210
6.5.2. Paramètres apparents de MICHAELIS et MENTEN.......................................................212
6.5.3. Les graphiques primaires pour les mécanismes à complexe ternaire........................213
6.5.4. Les graphiques secondaires.........................................................................................214
6.5.5. Graphiques pour les mécanismes à enzyme modifié .................................................216
6.6. Inhibition par le substrat ..............................................................................................217
6.6.1. Pourquoi y a-t-il une inhibition par le substrat ? ........................................................217
6.6.2. Mécanisme de type ordonné à complexe ternaire ......................................................218
6.6.3. Mécanisme de type aléatoire à complexe ternaire......................................................219
6.6.4. Mécanisme à enzyme modifié.....................................................................................219
6.6.5. Valeur diagnostique de l'inhibition par le substrat .....................................................220
6.7. Inhibition par le produit .................................................................................................221
6.8. Préparation des expériences .........................................................................................223
6.9. Un exemple simple d'étude d'un enzyme à deux substrats et deux produits :
la créatine kinase ...........................................................................................................224
6.9.1. Application pratique de la mesure des paramètres pour la créatine kinase...............228
6.10. Réactions à trois substrats et plus ...............................................................................229
Problèmes .................................................................................................................................233