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CINÉTIQUE ENZYMATIQUE
Une sous-unité doit subir un changement de conformation T
R, un changement représenté par la constante d’équilibre KTR t = [] [] pour une sous-unité
isolée. Dans la version la plus simple du modèle séquentiel, une valeur élevée de
K t est tacitement postulée, de telle façon que l’étendue du changement est
négligeable s’il n’est pas induit par la fixation d’un ligand.
Une molécule de A se fixe sur une sous-unité dans la conformation R,
représentée par [] AK A , où K A est la constante de dissociation [] [] [
]
RA
R A
pour la fixation de A sur une sous-unité isolée dans la conformation R.
Dans un dimère, il existe une interface par laquelle les deux sous-unités peuvent
interagir. Dans la molécule initiale T 2 , il y a évidemment deux sous-unités T, de
sorte qu’il y a une interface T:T, mais dans le complexe RTA, cette interface
devient une interface T:R, un changement représenté par la constante d’équilibre
KR T
T T
RT :
[:] [:]
=
. Dans la discussion originale de KOSHLAND, NÉMETHY
et FILMER, il n’est pas clairement précisé si les termes d’interaction entre les
sous-unité doivent être considérés comme des mesures absolues de la stabilité
des interfaces (ce qui signifierait que des dimensions sont impliquées et que
logiquement, une constante K T:T doit être introduite pour représenter la stabilité
de l’interface T : T), ou s’ils doivent être considérés comme des mesures de la
stabilité relative vis-à-vis d’un état standard (l’interface T : T). La seconde
interprétation est aussi rigoureuse, plus simple à appliquer (parce qu’elle conduit
à définir des constantes sans dimensions, de sorte qu’il n’y a pas de problème
d’oubli des dimensions) et produit des équations plus simples avec moins de
constantes ; nous utiliserons cette interprétation.
Finalement, un facteur statistique de 2 est nécessaire, parce qu’il y a deux façons
équivalentes de fixer A sur une des deux sous-unités (l’adjectif « équivalente »
est essentiel ici, car des choix non-équivalents conduisent à des molécules
distinguables, qui devraient être traitées séparément).
En considérant l’ensemble de ces points, nous pouvons écrire l’expression suivante
pour la concentration de RTA en termes de celles de T 2 et de A :
[]
[] [] :
RTA
TA K
KK
RT
tA
=
2 2
[9.35]
Bien que le choix d’un dimère comme exemple permette d’expliquer le modèle
séquentiel sans introduire une trop grande complexité, il ne permet pas d’expliquer
un ou deux aspects essentiels du modèle séquentiel, de sorte qu’il est utile de se
demander quelle expression serait obtenue si les mêmes règles étaient appliquées à
la formation d’une molécule R 2 T 2 A 2 à partir d'un tétramère T 4 . Dans ce cas, nous
ne pouvons pas ignorer la géométrie, parce qu’il existe au moins trois réarrangements possibles. Ici, nous supposerons que les sous-unités interagissent comme si
elles étaient disposées aux quatre coins d’un carré, et que parmi les deux manières
différentes de fixer deux molécules de ligand sur une telle molécule, nous
considérons uniquement celle dans laquelle les deux molécules de ligand se
CINÉTIQUE ENZYMATIQUE
Une sous-unité doit subir un changement de conformation T
R, un changement représenté par la constante d’équilibre KTR t = [] [] pour une sous-unité
isolée. Dans la version la plus simple du modèle séquentiel, une valeur élevée de
K t est tacitement postulée, de telle façon que l’étendue du changement est
négligeable s’il n’est pas induit par la fixation d’un ligand.
Une molécule de A se fixe sur une sous-unité dans la conformation R,
représentée par [] AK A , où K A est la constante de dissociation [] [] [
]
RA
R A
pour la fixation de A sur une sous-unité isolée dans la conformation R.
Dans un dimère, il existe une interface par laquelle les deux sous-unités peuvent
interagir. Dans la molécule initiale T 2 , il y a évidemment deux sous-unités T, de
sorte qu’il y a une interface T:T, mais dans le complexe RTA, cette interface
devient une interface T:R, un changement représenté par la constante d’équilibre
KR T
T T
RT :
[:] [:]
=
. Dans la discussion originale de KOSHLAND, NÉMETHY
et FILMER, il n’est pas clairement précisé si les termes d’interaction entre les
sous-unité doivent être considérés comme des mesures absolues de la stabilité
des interfaces (ce qui signifierait que des dimensions sont impliquées et que
logiquement, une constante K T:T doit être introduite pour représenter la stabilité
de l’interface T : T), ou s’ils doivent être considérés comme des mesures de la
stabilité relative vis-à-vis d’un état standard (l’interface T : T). La seconde
interprétation est aussi rigoureuse, plus simple à appliquer (parce qu’elle conduit
à définir des constantes sans dimensions, de sorte qu’il n’y a pas de problème
d’oubli des dimensions) et produit des équations plus simples avec moins de
constantes ; nous utiliserons cette interprétation.
Finalement, un facteur statistique de 2 est nécessaire, parce qu’il y a deux façons
équivalentes de fixer A sur une des deux sous-unités (l’adjectif « équivalente »
est essentiel ici, car des choix non-équivalents conduisent à des molécules
distinguables, qui devraient être traitées séparément).
En considérant l’ensemble de ces points, nous pouvons écrire l’expression suivante
pour la concentration de RTA en termes de celles de T 2 et de A :
[]
[] [] :
RTA
TA K
KK
RT
tA
=
2 2
[9.35]
Bien que le choix d’un dimère comme exemple permette d’expliquer le modèle
séquentiel sans introduire une trop grande complexité, il ne permet pas d’expliquer
un ou deux aspects essentiels du modèle séquentiel, de sorte qu’il est utile de se
demander quelle expression serait obtenue si les mêmes règles étaient appliquées à
la formation d’une molécule R 2 T 2 A 2 à partir d'un tétramère T 4 . Dans ce cas, nous
ne pouvons pas ignorer la géométrie, parce qu’il existe au moins trois réarrangements possibles. Ici, nous supposerons que les sous-unités interagissent comme si
elles étaient disposées aux quatre coins d’un carré, et que parmi les deux manières
différentes de fixer deux molécules de ligand sur une telle molécule, nous
considérons uniquement celle dans laquelle les deux molécules de ligand se