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CINÉTIQUE ENZYMATIQUE
Comment pouvons-nous expliquer cette contradiction ? Celle-ci implique-t-elle que
les relations du tableau 6.2 sont incorrectes ou qu'il y a une erreur dans les hypothèses faites pour les analyser ? WESTLEY et ses collègues défendent l'idée que
l'erreur se situe dans l'hypothèse implicite selon laquelle le même enzyme substitué
est produit, avec les mêmes propriétés cinétiques, quelle que soit la demi-réaction
qui l'a produit. Ils considèrent que l'enzyme conserve dans sa conformation, une
« mémoire » de la réaction qui s'est déroulée, suffisamment longue pour modifier
les propriétés cinétiques de l'étape suivante. Il n'est pas nécessaire ici d'analyser
cette idée en détails ; le point important est que les modèles du comportement
enzymatique qui sont considérés dans ce manuel reposent communément sur les
cas les plus simples, alors que les enzymes réels peuvent se comporter de manière
plus complexe. Cela ne signifie pas que les modèles simples ne sont pas utiles,
mais seulement qu'ils devraient être considérés comme des points de départ pour
analyser les mécanismes enzymatiques et non comme des descriptions complètes
de ceux-ci.
Comme nous en avons déjà discuté dans les chapitres 1 et 3, la détermination des
paramètres cinétiques peut être réalisée par ajustement paramétrique d'un
graphique de v en fonction de [] A pour différentes valeurs de [] B en utilisant
l'équation [6.24]. Certains logiciels de traitement des données permettent d'ajuster
les paramètres sur un ensemble de données à coordonnées multiples. Néanmoins,
nous présentons ci-dessous l'analyse graphique des données qui permet une
présentation plus didactique du phénomène même si un ajustement paramétrique
non-linéaire fournit de meilleures estimations des paramètres.
6.5.2. Paramètres apparents de MICHAELIS et MENTEN
Si la concentration d'un des substrats est modifiée en maintenant constante la
concentration du second substrat (sans pour cela que cette dernière ne soit ni très
élevée, ni très faible), l'équation [6.24] conserve la forme de l'équation de
MICHAELIS et MENTEN vis-à-vis du substrat dont la concentration est modifiée.
Par exemple, si [] A est modifiée et que [] B est maintenue constante, les termes
qui ne renferment pas [] A sont constants et l'équation [6.24] peut être réarrangée
de la manière suivante, si [] P = 0 et si [] Q = 0 :
v
VB
KB
A
KK
K
B
KB
A
VA
KA
mB
iA mB
mA
mB
app
m
app
=
+
+
+
⎛
⎝
⎜
⎞
⎠
⎟ +
=
+
1 []
[]
[]
[]
[]
[]
[]
[]
[6.28]
Les valeurs des paramètres apparents de MICHAELIS et MENTEN sont des fonctions
de [] B :
V
VB
KB
app
mB
=
+
1 []
[]
[6.29]
CINÉTIQUE ENZYMATIQUE
Comment pouvons-nous expliquer cette contradiction ? Celle-ci implique-t-elle que
les relations du tableau 6.2 sont incorrectes ou qu'il y a une erreur dans les hypothèses faites pour les analyser ? WESTLEY et ses collègues défendent l'idée que
l'erreur se situe dans l'hypothèse implicite selon laquelle le même enzyme substitué
est produit, avec les mêmes propriétés cinétiques, quelle que soit la demi-réaction
qui l'a produit. Ils considèrent que l'enzyme conserve dans sa conformation, une
« mémoire » de la réaction qui s'est déroulée, suffisamment longue pour modifier
les propriétés cinétiques de l'étape suivante. Il n'est pas nécessaire ici d'analyser
cette idée en détails ; le point important est que les modèles du comportement
enzymatique qui sont considérés dans ce manuel reposent communément sur les
cas les plus simples, alors que les enzymes réels peuvent se comporter de manière
plus complexe. Cela ne signifie pas que les modèles simples ne sont pas utiles,
mais seulement qu'ils devraient être considérés comme des points de départ pour
analyser les mécanismes enzymatiques et non comme des descriptions complètes
de ceux-ci.
Comme nous en avons déjà discuté dans les chapitres 1 et 3, la détermination des
paramètres cinétiques peut être réalisée par ajustement paramétrique d'un
graphique de v en fonction de [] A pour différentes valeurs de [] B en utilisant
l'équation [6.24]. Certains logiciels de traitement des données permettent d'ajuster
les paramètres sur un ensemble de données à coordonnées multiples. Néanmoins,
nous présentons ci-dessous l'analyse graphique des données qui permet une
présentation plus didactique du phénomène même si un ajustement paramétrique
non-linéaire fournit de meilleures estimations des paramètres.
6.5.2. Paramètres apparents de MICHAELIS et MENTEN
Si la concentration d'un des substrats est modifiée en maintenant constante la
concentration du second substrat (sans pour cela que cette dernière ne soit ni très
élevée, ni très faible), l'équation [6.24] conserve la forme de l'équation de
MICHAELIS et MENTEN vis-à-vis du substrat dont la concentration est modifiée.
Par exemple, si [] A est modifiée et que [] B est maintenue constante, les termes
qui ne renferment pas [] A sont constants et l'équation [6.24] peut être réarrangée
de la manière suivante, si [] P = 0 et si [] Q = 0 :
v
VB
KB
A
KK
K
B
KB
A
VA
KA
mB
iA mB
mA
mB
app
m
app
=
+
+
+
⎛
⎝
⎜
⎞
⎠
⎟ +
=
+
1 []
[]
[]
[]
[]
[]
[]
[]
[6.28]
Les valeurs des paramètres apparents de MICHAELIS et MENTEN sont des fonctions
de [] B :
V
VB
KB
app
mB
=
+
1 []
[]
[6.29]