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CINÉTIQUE ENZYMATIQUE
mécanismes catalytiques. De nombreuses enzymes se dénaturent rapidement à
37°C et peuvent être plus stables à 25°C (bien qu’il y ait des exceptions, de sorte
que cette propriété ne doit pas être considérée comme une règle universelle). Il est
également recommandé de choisir un pH auquel la vitesse de la réaction soit
relativement insensible à de faibles variations. Ceci se traduit parfois par la
recommandation de travailler au pH optimum de l’enzyme, mais nous verrons au
chapitre 8, que cette recommandation peut être sans fondement sauf si la valeur de
K m est indépendante du pH. Si K m varie avec le pH, même si le mécanisme obéit à
l’équation de MICHAELIS et MENTEN, la valeur maximale de V/K m n’apparaîtra pas
au même pH que la valeur maximale de V ; en conséquence, le pH optimum varie
avec la concentration de substrat.
Dans l’étude des réactions à plusieurs substrats, la mise au point des conditions
expérimentales est encore plus complexe que celle nécessaire pour les réactions à
un seul substrat, mais les principes restent les mêmes. Chaque concentration de
substrat doit varier sur une gamme suffisamment large pour que son effet soit
manifeste sur la vitesse de la réaction. Si la réaction obéit à l’équation de
MICHAELIS et MENTEN lorsque la concentration d’un des substrats varie alors que
celle de tous les autres est maintenue constante, les valeurs mesurées des
paramètres de MICHAELIS et MENTEN sont des valeurs apparentes et sont
susceptibles de changer lorsque les conditions changent. Pour obtenir un maximum
d’information, il est nécessaire de choisir une gamme de concentrations de substrat
en relation avec le K m apparent et non avec la valeur limite de K m obtenue lorsque
les autres substrats sont à des concentrations proches de la saturation, ce qui peut
être sans intérêt. Nous reviendrons sur ce point au chapitre 6 après avoir introduit
les équations de base pour les réactions à deux substrats. Des conditions similaires
s’appliquent aux études des inhibitions et seront discutées au chapitre 5.
4.3.3. Réplication des mesures
Dans une étude cinétique, il n’est pas rare que le meilleur modèle qui puisse être
obtenu ne représente pas parfaitement chaque observation. La question se pose
alors de savoir si les différences observées peuvent être attribuées aux erreurs
expérimentales ou si elles traduisent la nécessité de recourir à un modèle plus
complexe. Pour répondre à cette question, il est nécessaire d’estimer la grandeur
des erreurs commises sur les mesures expérimentales. La manière la plus simple
d’estimer la valeur des erreurs consiste à répliquer les observations. Si les
observations répliquées sont plus en accord les unes avec les autres qu’avec la
courbe ajustée, cela peut indiquer que la courbe ajustée est à rejeter et qu’il faut
introduire plus de termes dans l’équation. Si, au contraire, les points expérimentaux
montrent autant de variation entre eux qu’avec la courbe ajustée, l’équation utilisée
pour l’ajustement peut être acceptée jusqu’à ce que des mesures plus précises
soient obtenues.
CINÉTIQUE ENZYMATIQUE
mécanismes catalytiques. De nombreuses enzymes se dénaturent rapidement à
37°C et peuvent être plus stables à 25°C (bien qu’il y ait des exceptions, de sorte
que cette propriété ne doit pas être considérée comme une règle universelle). Il est
également recommandé de choisir un pH auquel la vitesse de la réaction soit
relativement insensible à de faibles variations. Ceci se traduit parfois par la
recommandation de travailler au pH optimum de l’enzyme, mais nous verrons au
chapitre 8, que cette recommandation peut être sans fondement sauf si la valeur de
K m est indépendante du pH. Si K m varie avec le pH, même si le mécanisme obéit à
l’équation de MICHAELIS et MENTEN, la valeur maximale de V/K m n’apparaîtra pas
au même pH que la valeur maximale de V ; en conséquence, le pH optimum varie
avec la concentration de substrat.
Dans l’étude des réactions à plusieurs substrats, la mise au point des conditions
expérimentales est encore plus complexe que celle nécessaire pour les réactions à
un seul substrat, mais les principes restent les mêmes. Chaque concentration de
substrat doit varier sur une gamme suffisamment large pour que son effet soit
manifeste sur la vitesse de la réaction. Si la réaction obéit à l’équation de
MICHAELIS et MENTEN lorsque la concentration d’un des substrats varie alors que
celle de tous les autres est maintenue constante, les valeurs mesurées des
paramètres de MICHAELIS et MENTEN sont des valeurs apparentes et sont
susceptibles de changer lorsque les conditions changent. Pour obtenir un maximum
d’information, il est nécessaire de choisir une gamme de concentrations de substrat
en relation avec le K m apparent et non avec la valeur limite de K m obtenue lorsque
les autres substrats sont à des concentrations proches de la saturation, ce qui peut
être sans intérêt. Nous reviendrons sur ce point au chapitre 6 après avoir introduit
les équations de base pour les réactions à deux substrats. Des conditions similaires
s’appliquent aux études des inhibitions et seront discutées au chapitre 5.
4.3.3. Réplication des mesures
Dans une étude cinétique, il n’est pas rare que le meilleur modèle qui puisse être
obtenu ne représente pas parfaitement chaque observation. La question se pose
alors de savoir si les différences observées peuvent être attribuées aux erreurs
expérimentales ou si elles traduisent la nécessité de recourir à un modèle plus
complexe. Pour répondre à cette question, il est nécessaire d’estimer la grandeur
des erreurs commises sur les mesures expérimentales. La manière la plus simple
d’estimer la valeur des erreurs consiste à répliquer les observations. Si les
observations répliquées sont plus en accord les unes avec les autres qu’avec la
courbe ajustée, cela peut indiquer que la courbe ajustée est à rejeter et qu’il faut
introduire plus de termes dans l’équation. Si, au contraire, les points expérimentaux
montrent autant de variation entre eux qu’avec la courbe ajustée, l’équation utilisée
pour l’ajustement peut être acceptée jusqu’à ce que des mesures plus précises
soient obtenues.