4.1 Variabilité du génome
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© Dunod – La photocopie non autorisée est un délit.
dine, il a transition, lorsqu’une pyrimidine est échangée pour une
purine il y a transversion, les transitions sont deux fois plus fréquentes
que les transversions). Ce sont les SNPs. La mise en évidence de ce type
de polymorphismes a nécessité l’utilisation de couples formés par un
enzyme de restriction et une sonde et l’établissement de cartes de restriction (fig. 29). L’insertion ou la délétion d’une seule ou de quelques
bases s’appelle un Indel (INsertion DELétion), les substitutions de
base sont dix fois plus fréquentes que les Indels. Ce type de modification se produit plus souvent à certains points privilégiés, dits point
chauds, de la molécule d’ADN, le plus important étant la présence
d’un CpG (p indiquant un phosphate).
b) Polymorphisme de répétition
Environ 25 % de l’ADN humain est fait de séquences dites modérément répétitives, ce qui inclut les copies multiples de certains gènes
comme ceux codants pour les ARN ribosomaux et des séquences non
fonctionnelles. Beaucoup de ces séquences forment des LINES (pour
« long interspersed elements »), supposées dérivées de séquences virales,
mesurant en moyenne 7 000 pb, il y en a environ 25-50 000 chez
l’homme, certains contiennent des séquences codantes. Par ailleurs 10 %
du génome humain contient des milliers de SINE (pour « short interspersed
element »), la plus connue est Alu (300 pb), il y en a 300 à 500 000 copies.
Les microsatellites sont la répétition d’un motif de séquence simple
d’une taille de 13 paires de base ou moins, ils sont constitués par la
répétition, en tandem, de séquences nucléotidiques, très courtes, par
exemple CA (avec sur le brin anti-sens GT) 5, 10, 20 fois (fig. 30). Il y
en aurait environ 50 000 répartis dans tout le génome humain. Le
polymorphisme c’est ici le nombre de fois où ce motif se répète. Les
microsatellites ont un taux de mutation très élevé.
Les mini-satellites (ou VNTR pour « variable number of tandem
repeats ») sont analogues aux microsatellites, mais le nombre de copies
y est plus petit, typiquement 5 à 50. Leur nombre est modifié par
« cross-over » inégal (voir aussi la fig. 21). Les VNTR existent sous
diverses versions, dites alléliques, certains VNTR sont hypervariables
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© Dunod – La photocopie non autorisée est un délit.
dine, il a transition, lorsqu’une pyrimidine est échangée pour une
purine il y a transversion, les transitions sont deux fois plus fréquentes
que les transversions). Ce sont les SNPs. La mise en évidence de ce type
de polymorphismes a nécessité l’utilisation de couples formés par un
enzyme de restriction et une sonde et l’établissement de cartes de restriction (fig. 29). L’insertion ou la délétion d’une seule ou de quelques
bases s’appelle un Indel (INsertion DELétion), les substitutions de
base sont dix fois plus fréquentes que les Indels. Ce type de modification se produit plus souvent à certains points privilégiés, dits point
chauds, de la molécule d’ADN, le plus important étant la présence
d’un CpG (p indiquant un phosphate).
b) Polymorphisme de répétition
Environ 25 % de l’ADN humain est fait de séquences dites modérément répétitives, ce qui inclut les copies multiples de certains gènes
comme ceux codants pour les ARN ribosomaux et des séquences non
fonctionnelles. Beaucoup de ces séquences forment des LINES (pour
« long interspersed elements »), supposées dérivées de séquences virales,
mesurant en moyenne 7 000 pb, il y en a environ 25-50 000 chez
l’homme, certains contiennent des séquences codantes. Par ailleurs 10 %
du génome humain contient des milliers de SINE (pour « short interspersed
element »), la plus connue est Alu (300 pb), il y en a 300 à 500 000 copies.
Les microsatellites sont la répétition d’un motif de séquence simple
d’une taille de 13 paires de base ou moins, ils sont constitués par la
répétition, en tandem, de séquences nucléotidiques, très courtes, par
exemple CA (avec sur le brin anti-sens GT) 5, 10, 20 fois (fig. 30). Il y
en aurait environ 50 000 répartis dans tout le génome humain. Le
polymorphisme c’est ici le nombre de fois où ce motif se répète. Les
microsatellites ont un taux de mutation très élevé.
Les mini-satellites (ou VNTR pour « variable number of tandem
repeats ») sont analogues aux microsatellites, mais le nombre de copies
y est plus petit, typiquement 5 à 50. Leur nombre est modifié par
« cross-over » inégal (voir aussi la fig. 21). Les VNTR existent sous
diverses versions, dites alléliques, certains VNTR sont hypervariables