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4 • Variabilité génotypique et variabilité phénotypique
ple microscope et porter sur le chromosome dans son ensemble 1 , sur le
caryotype (> 3 kb) et avoir comme conséquence des changements dans le
nombre ou la forme des chromosomes, il s’agit de variants structuraux
microscopiques, un exemple bien connu est la présence d’un troisième
chromosome comme dans la trisomie dont le phénotype est le mongolisme. (2) Le développement récent des techniques d’analyse de l’ensemble
du génome a permis la mise en évidence de changements portant sur des
segments du génome de taille élevée, entre 1 et 3 kb. Ce sont les nouveaux
« variants structuraux sub-microscopiques » qui sont des variations sur
grande échelle et incluent des copies en nombre d’un segment d’ADN qui
peuvent être des insertions, des délétions, des duplications, et des translocations. Ce type de variants a beaucoup de conséquences médicales et probablement évolutionnistes. (3) Reste enfin les variations plus classiques
portant sur un nombre limité de nucléotides (< 1 kb). Il peut s’agir de
polymorphismes ponctuels, les polymorphismes de nucléotides uniques
ou « single nucleotide polymorphisms », couramment appelés SNP ou snips,
premiers identifiés dans le génome (1 tous les 300 nucléotides) (fig. 29
et 42), ou de polymorphismes de répétition, qui sont surtout des marqueurs et ont probablement peu de conséquences fonctionnelles (comme
les micro- et les mini-satellites). Il peut, là aussi, s’agir d’insertions/délétions (les indels), d’inversions et de duplications (voir plus bas, § 5.1).
Nous ne détaillerons que les variations classiques non codantes, ponctuelles ou de répétition, ce sont en effet les seules qui, pour l’instant, sont
utilisées dans les biotechnologies.
a) Polymorphismes ponctuels
L’exemple donné figure 28 est un exemple dans lequel il y a hétérogénéité (c’est-à-dire polymorphisme) ponctuelle. Une seule base est
modifiée (quand une pyrimidine est échangée pour une autre pyrimi1. Les réarrangements chromosomiques sont un autre exemple. Par exemple, la
comparaison entre la distribution des gènes du chromosome X de la souris et de
l’homme. Les gènes sont les mêmes, mais leur orientation sur le chromosome est
inversée. Les réarrangements se font par groupe de gènes, et touche par exemple
six segments chromosomiques homologues chez la souris.
4 • Variabilité génotypique et variabilité phénotypique
ple microscope et porter sur le chromosome dans son ensemble 1 , sur le
caryotype (> 3 kb) et avoir comme conséquence des changements dans le
nombre ou la forme des chromosomes, il s’agit de variants structuraux
microscopiques, un exemple bien connu est la présence d’un troisième
chromosome comme dans la trisomie dont le phénotype est le mongolisme. (2) Le développement récent des techniques d’analyse de l’ensemble
du génome a permis la mise en évidence de changements portant sur des
segments du génome de taille élevée, entre 1 et 3 kb. Ce sont les nouveaux
« variants structuraux sub-microscopiques » qui sont des variations sur
grande échelle et incluent des copies en nombre d’un segment d’ADN qui
peuvent être des insertions, des délétions, des duplications, et des translocations. Ce type de variants a beaucoup de conséquences médicales et probablement évolutionnistes. (3) Reste enfin les variations plus classiques
portant sur un nombre limité de nucléotides (< 1 kb). Il peut s’agir de
polymorphismes ponctuels, les polymorphismes de nucléotides uniques
ou « single nucleotide polymorphisms », couramment appelés SNP ou snips,
premiers identifiés dans le génome (1 tous les 300 nucléotides) (fig. 29
et 42), ou de polymorphismes de répétition, qui sont surtout des marqueurs et ont probablement peu de conséquences fonctionnelles (comme
les micro- et les mini-satellites). Il peut, là aussi, s’agir d’insertions/délétions (les indels), d’inversions et de duplications (voir plus bas, § 5.1).
Nous ne détaillerons que les variations classiques non codantes, ponctuelles ou de répétition, ce sont en effet les seules qui, pour l’instant, sont
utilisées dans les biotechnologies.
a) Polymorphismes ponctuels
L’exemple donné figure 28 est un exemple dans lequel il y a hétérogénéité (c’est-à-dire polymorphisme) ponctuelle. Une seule base est
modifiée (quand une pyrimidine est échangée pour une autre pyrimi1. Les réarrangements chromosomiques sont un autre exemple. Par exemple, la
comparaison entre la distribution des gènes du chromosome X de la souris et de
l’homme. Les gènes sont les mêmes, mais leur orientation sur le chromosome est
inversée. Les réarrangements se font par groupe de gènes, et touche par exemple
six segments chromosomiques homologues chez la souris.