4.1 Variabilité du génome
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© Dunod – La photocopie non autorisée est un délit.
dire que cet allèle a été l’objet d’une pression sélective. Il y a une définition officielle du polymorphisme : il y a polymorphisme lorsque la
forme rare d’allèle est présente dans plus de 2 % de la population, en
deçà il y a mutation (Brent 2000) 1 . On évalue à 1/10 6 -1/10 8 le taux
d’apparition des mutations spontanées dans le génome. Le polymorphisme de l’ADN est à l’origine de l’évolution sélective, mais la très
grande majorité des polymorphismes de l’ADN n’a aucune conséquence évolutive pour au moins deux raisons, d’une part une grande
partie du génome n’est ni codante, ni régulatrice, d’autre part une
grande majorité des mutations, bien que située sur un gène, n’ont
aucune conséquence fonctionnelle notable. Par contre, il est important de se souvenir qu’un gène ne se limite pas à sa portion codante, et
comporte une portion régulatrice, non codante, laquelle se subdivise
en deux parties les séquences dites non spécifiques régulant l’expression, et surtout le niveau d’expression 2 (en cis, et les séquences spécifiques d’un ou de plusieurs facteurs de transcription (en trans). Le
polymorphisme peut exister sur la portion codante où il est relativement facile de le détecter, ou sur les séquences régulatrices où cela est
plus difficile.
La variabilité du génome peut apparaître à différents niveaux (Feuk
2006, Khaja 2006) 3 (Addendum 2). (1) Elle peut être détectable au sim1. Ce qui sous-entend que certains allèles, relativement fréquents aux USA par
exemple, se définissent comme étant mutation dans une autre population où
leur fréquence est inférieure au chiffre fatidique de 2 % (Brent 2000).
2. Chez l’homme, ces séquences sont situées à peu prés en nombre égal en position 5’ ou 3’ (c’est-à-dire en amont ou en aval) par rapport à la portion codante
(Cheung 2005).
3. Les séquences du génome humain publiées en 2001 qui servent de référence
sont en fait des séquences composites obtenues à partir de l’ADN de plusieurs
personnes. Tout récemment, Craig Venter a publié la séquence d’un seul individu (lui-même) ce qui permet une estimation plus précise du polymorphisme
de l’ADN. Il y a environ plus de 4 millions de variants ADN dont plus de
3 millions de SNPs, plus de 50 000 substitutions en blocs de 2 à 206 pb, et près
de 300 000 indels (Levy 2007).
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© Dunod – La photocopie non autorisée est un délit.
dire que cet allèle a été l’objet d’une pression sélective. Il y a une définition officielle du polymorphisme : il y a polymorphisme lorsque la
forme rare d’allèle est présente dans plus de 2 % de la population, en
deçà il y a mutation (Brent 2000) 1 . On évalue à 1/10 6 -1/10 8 le taux
d’apparition des mutations spontanées dans le génome. Le polymorphisme de l’ADN est à l’origine de l’évolution sélective, mais la très
grande majorité des polymorphismes de l’ADN n’a aucune conséquence évolutive pour au moins deux raisons, d’une part une grande
partie du génome n’est ni codante, ni régulatrice, d’autre part une
grande majorité des mutations, bien que située sur un gène, n’ont
aucune conséquence fonctionnelle notable. Par contre, il est important de se souvenir qu’un gène ne se limite pas à sa portion codante, et
comporte une portion régulatrice, non codante, laquelle se subdivise
en deux parties les séquences dites non spécifiques régulant l’expression, et surtout le niveau d’expression 2 (en cis, et les séquences spécifiques d’un ou de plusieurs facteurs de transcription (en trans). Le
polymorphisme peut exister sur la portion codante où il est relativement facile de le détecter, ou sur les séquences régulatrices où cela est
plus difficile.
La variabilité du génome peut apparaître à différents niveaux (Feuk
2006, Khaja 2006) 3 (Addendum 2). (1) Elle peut être détectable au sim1. Ce qui sous-entend que certains allèles, relativement fréquents aux USA par
exemple, se définissent comme étant mutation dans une autre population où
leur fréquence est inférieure au chiffre fatidique de 2 % (Brent 2000).
2. Chez l’homme, ces séquences sont situées à peu prés en nombre égal en position 5’ ou 3’ (c’est-à-dire en amont ou en aval) par rapport à la portion codante
(Cheung 2005).
3. Les séquences du génome humain publiées en 2001 qui servent de référence
sont en fait des séquences composites obtenues à partir de l’ADN de plusieurs
personnes. Tout récemment, Craig Venter a publié la séquence d’un seul individu (lui-même) ce qui permet une estimation plus précise du polymorphisme
de l’ADN. Il y a environ plus de 4 millions de variants ADN dont plus de
3 millions de SNPs, plus de 50 000 substitutions en blocs de 2 à 206 pb, et près
de 300 000 indels (Levy 2007).