6.1 Génétique médicale
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© Dunod – La photocopie non autorisée est un délit.
des deux éléments d’une paire d’allélique utilisés comme marqueur
qu’il s’agisse d’un polymorphisme ponctuel ou d’un microsatellite
(P ou p sur la figure 60).
On émet alors successivement un certain nombre d’hypothèses, à
savoir que l’un des deux allèles-marqueurs a une chance sur 100 (theta
= 0,01 ou 1 cM),…, 10 chances sur 100 (theta = 0,10 ou 10 cM),…,
50 chances sur 100 (le maximum, theta = 0,50) d’être lié au locus
morbide, ce qui définit la distance génétique. On examine alors les
données fournies par l’enquête génétique et l’analyse du génome et on
calcule la vraisemblance de cette hypothèse. Ce calcul assez complexe
est entièrement informatisé. Il fait appel au rapport de vraisemblance
(ou de probabilité) qui traduit les chances qu’a une telle liaison d’exister. Ce rapport s’exprime en logarithmes décimaux et s’appelle « lod
score », Z, il est égal au rapport :
Il existe toujours une valeur de theta pour laquelle le lod score (Z)
est maxima. Z est égal ou supérieur à = 3 indique qu’il y a 1 000 chances contre une pour que la liaison ne soit pas due au hasard. Si theta est
égal à zéro, le « lod score » sera égal à l’infini puisque le log décimal de
zéro est l’infini, ceci ne fait qu’exprimer le fait que lorsque θ est égal à
zéro, l’hypothèse est que le marqueur est le locus morbide lui-même.
On peut avec cette technique approcher le locus morbide, mais aussi
exclure des gènes candidats en démontrant que le « lod score » entre
locus morbide et un marqueur connu d’un gène candidat est inférieur
à −2 (moins d’une chance sur 100 d’être liés).
Les résultats de cette analyse peuvent différer dans deux familles différentes, soit parce qu’il y a deux loci morbides différents à l’origine de
la maladie, soit parce que les informations dans les deux familles sont
moins complètes dans l’une et que l’informativité de l’analyse est
moins bonne dans une des familles comparée à l’autre. Le « lod score »
donne en effet des indications de probabilité.
Z vraisemblance de la liaison pour une valeur donnée de θ
vraisemblance d ′ une absence de liaison
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------=
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© Dunod – La photocopie non autorisée est un délit.
des deux éléments d’une paire d’allélique utilisés comme marqueur
qu’il s’agisse d’un polymorphisme ponctuel ou d’un microsatellite
(P ou p sur la figure 60).
On émet alors successivement un certain nombre d’hypothèses, à
savoir que l’un des deux allèles-marqueurs a une chance sur 100 (theta
= 0,01 ou 1 cM),…, 10 chances sur 100 (theta = 0,10 ou 10 cM),…,
50 chances sur 100 (le maximum, theta = 0,50) d’être lié au locus
morbide, ce qui définit la distance génétique. On examine alors les
données fournies par l’enquête génétique et l’analyse du génome et on
calcule la vraisemblance de cette hypothèse. Ce calcul assez complexe
est entièrement informatisé. Il fait appel au rapport de vraisemblance
(ou de probabilité) qui traduit les chances qu’a une telle liaison d’exister. Ce rapport s’exprime en logarithmes décimaux et s’appelle « lod
score », Z, il est égal au rapport :
Il existe toujours une valeur de theta pour laquelle le lod score (Z)
est maxima. Z est égal ou supérieur à = 3 indique qu’il y a 1 000 chances contre une pour que la liaison ne soit pas due au hasard. Si theta est
égal à zéro, le « lod score » sera égal à l’infini puisque le log décimal de
zéro est l’infini, ceci ne fait qu’exprimer le fait que lorsque θ est égal à
zéro, l’hypothèse est que le marqueur est le locus morbide lui-même.
On peut avec cette technique approcher le locus morbide, mais aussi
exclure des gènes candidats en démontrant que le « lod score » entre
locus morbide et un marqueur connu d’un gène candidat est inférieur
à −2 (moins d’une chance sur 100 d’être liés).
Les résultats de cette analyse peuvent différer dans deux familles différentes, soit parce qu’il y a deux loci morbides différents à l’origine de
la maladie, soit parce que les informations dans les deux familles sont
moins complètes dans l’une et que l’informativité de l’analyse est
moins bonne dans une des familles comparée à l’autre. Le « lod score »
donne en effet des indications de probabilité.
Z vraisemblance de la liaison pour une valeur donnée de θ
vraisemblance d ′ une absence de liaison
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