5.2 Analyses globalisées du génome et de son expression
121
© Dunod – La photocopie non autorisée est un délit.
La technique n’a pu être rendue possible qu’après la publication de
la carte complète des haplotypes humains (HapMap). Les combinaisons d’allèles (ou de SNPs) proches sont des haplotypes, l’existence de
ces haplotypes réduit de façon considérable la diversité qu’il y aurait dû
avoir s’il n’y avait pas de corrélation ente les SNPs. Le principe de la
GWA est le suivant. Chaque SNP de référence « capture » des SNPs de
proximité situé dans le même haplotype, parmi lesquels peut se trouver
un variant génique lié au phénotype, c’est-à-dire à l’affection que l’on
étudie. Cette capture signifie que le ou les SNPs de cette région sont en
déséquilibre de liaison (Kruglyak 2005) (fig. 42).
Cette méthode a permis, pour la première fois, l’identification de
variants de gènes ou de simples zones d’ADN spécifiquement liés à certaines maladies courantes dont le caractère familial n’est pas évident
sur le plan individuel, comme l’infarctus du myocarde, les diabètes
type 1 et 2, l’asthme, la sclérose en plaques, l’obésité… Il s’agit de
maladies dans lesquelles le facteur génétique joue un rôle, mais un rôle
qui n’a rien à voir avec le rôle unique et déterminant joué par les mutations en cause dans les maladies monogéniques à transmission mendélienne.
Les facteurs environnementaux, allergie, auto-immunité, alimentation,
infections… y sont des déterminants à part pratiquement égale avec les
déterminants génétiques.
Les points critiques dans ce genre d’approche sont la rigueur de la
caractérisation du phénotype (la maladie), la robustesse de l’évidence
statistique, la dimension de la population étudiée (les cohortes étudiées
regroupent plusieurs milliers de patients et de contrôles) et surtout la
reproductibilité des résultats dans plusieurs types de population, véritable étalon-or de ce type d’études.
5.2.2 Analyses globalisées de l’expression génique,
les « omiques »
L’expression des gènes peut s’analyser à plusieurs niveaux de complexité
croissante : les ARN messagers, les protéines, les ensembles fonctionnels de protéines comme les cascades métaboliques et les fonctions
physiologiques. Les techniques issues de la connaissance de la séquence
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© Dunod – La photocopie non autorisée est un délit.
La technique n’a pu être rendue possible qu’après la publication de
la carte complète des haplotypes humains (HapMap). Les combinaisons d’allèles (ou de SNPs) proches sont des haplotypes, l’existence de
ces haplotypes réduit de façon considérable la diversité qu’il y aurait dû
avoir s’il n’y avait pas de corrélation ente les SNPs. Le principe de la
GWA est le suivant. Chaque SNP de référence « capture » des SNPs de
proximité situé dans le même haplotype, parmi lesquels peut se trouver
un variant génique lié au phénotype, c’est-à-dire à l’affection que l’on
étudie. Cette capture signifie que le ou les SNPs de cette région sont en
déséquilibre de liaison (Kruglyak 2005) (fig. 42).
Cette méthode a permis, pour la première fois, l’identification de
variants de gènes ou de simples zones d’ADN spécifiquement liés à certaines maladies courantes dont le caractère familial n’est pas évident
sur le plan individuel, comme l’infarctus du myocarde, les diabètes
type 1 et 2, l’asthme, la sclérose en plaques, l’obésité… Il s’agit de
maladies dans lesquelles le facteur génétique joue un rôle, mais un rôle
qui n’a rien à voir avec le rôle unique et déterminant joué par les mutations en cause dans les maladies monogéniques à transmission mendélienne.
Les facteurs environnementaux, allergie, auto-immunité, alimentation,
infections… y sont des déterminants à part pratiquement égale avec les
déterminants génétiques.
Les points critiques dans ce genre d’approche sont la rigueur de la
caractérisation du phénotype (la maladie), la robustesse de l’évidence
statistique, la dimension de la population étudiée (les cohortes étudiées
regroupent plusieurs milliers de patients et de contrôles) et surtout la
reproductibilité des résultats dans plusieurs types de population, véritable étalon-or de ce type d’études.
5.2.2 Analyses globalisées de l’expression génique,
les « omiques »
L’expression des gènes peut s’analyser à plusieurs niveaux de complexité
croissante : les ARN messagers, les protéines, les ensembles fonctionnels de protéines comme les cascades métaboliques et les fonctions
physiologiques. Les techniques issues de la connaissance de la séquence