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5 • Techniques et biotechnologies
5.2.1 Les analyses globalisées de la structure du génome
La recherche génétique utilise actuellement une approche technologique radicalement différente de celle utilisée pendant longtemps. Traditionnellement, les généticiens étaient focalisés sur des gènes simples
aux effets potentiels importants et recherchaient de grandes familles porteuses de maladies rares et graves à transmission mendélienne, comme
la mucovicidose par exemple. Le nombre de gènes en cause y était relativement limité et les études de liaison (« linkage ») ont permis des
avancées importantes sur un nombre limité d’affections familiales.
C’est de cette manière que furent identifiées les mutations à l’origine
de la très grande majorité des maladies monogéniques.
Ce fut ensuite le temps des gènes candidats, c’est-à-dire de gènes
potentiellement en cause, choisis à partir d’hypothèses physiopathologiques, le gène de l’insuline par exemple dans le diabète, ou celui de
l’angiotensinogène dans l’hypertension artérielle. La technique consistait à essayer d’établir une association entre une mutation présente sur
ce type de gène et l’affection. Des milliers d’études de ce type ont été,
et sont encore, publiés. Cette technique a elle aussi permis la mise en
évidence de certains gènes pathogènes, mais peu ont fourni des résultats reproductibles, comme ceux qui concernent le système HLA dans
le diabète de type 1. La nouvelle approche est différente.
« Genome-Wide Association Studies, GWAS »
Il y a parmi les 3,2 milliards de paire de base du génome humain environ 7 millions de variants existant à une fréquence > 5 %, ce sont en
majorité des polymorphismes ponctuels, c’est-à-dire des SNPs. La
détection de ces SNPs se fait au moyen d’un signal qui est proportionnel au nombre de copies de l’allèle dans l’échantillon considéré. On
utilise pour ce faire des kits tout faits du commerce qui couvrent
actuellement une grande majorité des variants dont les allèles ont une
fréquence > 5 % (fig. 42). Les allèles plus rares ainsi que les copies supplémentaires de gènes peuvent échapper à cette recherche, et ne peuvent être « capturés » qu’en croisant plusieurs collections de SNP. Le
problème c’est qu’avec même 500 000 SNPs, on ne couvre guère que
quelques pourcents du génome.
5 • Techniques et biotechnologies
5.2.1 Les analyses globalisées de la structure du génome
La recherche génétique utilise actuellement une approche technologique radicalement différente de celle utilisée pendant longtemps. Traditionnellement, les généticiens étaient focalisés sur des gènes simples
aux effets potentiels importants et recherchaient de grandes familles porteuses de maladies rares et graves à transmission mendélienne, comme
la mucovicidose par exemple. Le nombre de gènes en cause y était relativement limité et les études de liaison (« linkage ») ont permis des
avancées importantes sur un nombre limité d’affections familiales.
C’est de cette manière que furent identifiées les mutations à l’origine
de la très grande majorité des maladies monogéniques.
Ce fut ensuite le temps des gènes candidats, c’est-à-dire de gènes
potentiellement en cause, choisis à partir d’hypothèses physiopathologiques, le gène de l’insuline par exemple dans le diabète, ou celui de
l’angiotensinogène dans l’hypertension artérielle. La technique consistait à essayer d’établir une association entre une mutation présente sur
ce type de gène et l’affection. Des milliers d’études de ce type ont été,
et sont encore, publiés. Cette technique a elle aussi permis la mise en
évidence de certains gènes pathogènes, mais peu ont fourni des résultats reproductibles, comme ceux qui concernent le système HLA dans
le diabète de type 1. La nouvelle approche est différente.
« Genome-Wide Association Studies, GWAS »
Il y a parmi les 3,2 milliards de paire de base du génome humain environ 7 millions de variants existant à une fréquence > 5 %, ce sont en
majorité des polymorphismes ponctuels, c’est-à-dire des SNPs. La
détection de ces SNPs se fait au moyen d’un signal qui est proportionnel au nombre de copies de l’allèle dans l’échantillon considéré. On
utilise pour ce faire des kits tout faits du commerce qui couvrent
actuellement une grande majorité des variants dont les allèles ont une
fréquence > 5 % (fig. 42). Les allèles plus rares ainsi que les copies supplémentaires de gènes peuvent échapper à cette recherche, et ne peuvent être « capturés » qu’en croisant plusieurs collections de SNP. Le
problème c’est qu’avec même 500 000 SNPs, on ne couvre guère que
quelques pourcents du génome.