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© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
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ALGORITHMES POUR
LA PHYLOGÉNIE
MOLÉCULAIRE
Toute reconstruction phylogénétique nécessite des outils logiciels. Ceux-ci sont très
nombreux : fin 2012, une compilation de logiciels de phylogénie en recense 392
(http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html). La plupart des
algorithmes de reconstruction phylogénétique utilisés dans ces logiciels sont présentés
dans ce chapitre. Cependant, ce chapitre ne présente pas l’approche bayesienne, autre
approche probabiliste que celle par maximum de vraisemblance, dont la description
dépasse le niveau de ce livre. Le logiciel SeaView (http://pbil.univ-lyon1.fr/software/
seaview.html), disponible gratuitement pour les systèmes informatiques les plus
communs, sera utilisé pour présenter l’utilisation pratique de ces algorithmes.
MEGA (http://www.megasoftware.net/) est un autre logiciel généraliste de
reconstruction phylogénétique, surtout efficace sous le système Microsoft Windows.
Le logiciel PAUP* (http://paup.csit.fsu.edu/index.html), qui nécessite l’achat d’une
licence, a été parmi les outils les plus employés jusqu’au début des années 2000 et
reste très performant pour les analyses par parcimonie. Les logiciels PhyML (http://
www.atgc-montpellier.fr/phyml/
http://www.exelixis-lab.org/
) et RAxML (
) sont les
plus populaires pour les reconstructions par la méthode du maximum de vraisemblance. Le logiciel MrBayes (http://mrbayes.sourceforge.net/) est le plus utilisé pour
les analyses bayesiennes. Le logiciel PHYLIP (http://evolution.gs.washington.edu/
phylip.html) est un ensemble de programmes qui implémentent tous les algorithmes
présentés ici ainsi que de nombreuses autres opérations. C’est le plus ancien
PLAN
7.1 Parcimonie
7.2 Méthodes de distances
7.3 Maximum de vraisemblance
7.4 Estimation de la fiabilité d’un arbre par bootstrap
7.5 Choix des méthodes de calcul d’arbres
OBJECTIFS
➤ Comprendre les trois types majeurs d’algorithmes de reconstruction
phylogénétique : parcimonie, distances, maximum de vraisemblance
➤ Évaluer la fiabilité d’un arbre par la méthode du bootstrap
© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
7
ALGORITHMES POUR
LA PHYLOGÉNIE
MOLÉCULAIRE
Toute reconstruction phylogénétique nécessite des outils logiciels. Ceux-ci sont très
nombreux : fin 2012, une compilation de logiciels de phylogénie en recense 392
(http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html). La plupart des
algorithmes de reconstruction phylogénétique utilisés dans ces logiciels sont présentés
dans ce chapitre. Cependant, ce chapitre ne présente pas l’approche bayesienne, autre
approche probabiliste que celle par maximum de vraisemblance, dont la description
dépasse le niveau de ce livre. Le logiciel SeaView (http://pbil.univ-lyon1.fr/software/
seaview.html), disponible gratuitement pour les systèmes informatiques les plus
communs, sera utilisé pour présenter l’utilisation pratique de ces algorithmes.
MEGA (http://www.megasoftware.net/) est un autre logiciel généraliste de
reconstruction phylogénétique, surtout efficace sous le système Microsoft Windows.
Le logiciel PAUP* (http://paup.csit.fsu.edu/index.html), qui nécessite l’achat d’une
licence, a été parmi les outils les plus employés jusqu’au début des années 2000 et
reste très performant pour les analyses par parcimonie. Les logiciels PhyML (http://
www.atgc-montpellier.fr/phyml/
http://www.exelixis-lab.org/
) et RAxML (
) sont les
plus populaires pour les reconstructions par la méthode du maximum de vraisemblance. Le logiciel MrBayes (http://mrbayes.sourceforge.net/) est le plus utilisé pour
les analyses bayesiennes. Le logiciel PHYLIP (http://evolution.gs.washington.edu/
phylip.html) est un ensemble de programmes qui implémentent tous les algorithmes
présentés ici ainsi que de nombreuses autres opérations. C’est le plus ancien
PLAN
7.1 Parcimonie
7.2 Méthodes de distances
7.3 Maximum de vraisemblance
7.4 Estimation de la fiabilité d’un arbre par bootstrap
7.5 Choix des méthodes de calcul d’arbres
OBJECTIFS
➤ Comprendre les trois types majeurs d’algorithmes de reconstruction
phylogénétique : parcimonie, distances, maximum de vraisemblance
➤ Évaluer la fiabilité d’un arbre par la méthode du bootstrap