Chapitre 6 • Bases théoriques de la phylogénie moléculaire
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On peut aussi calculer la distance évolutive entre séquences protéiques à l’aide
des matrices PAM, en cherchant la valeur k pour laquelle la fréquence de paires
d’acides aminés homologues différents prévue par la matrice de transition PAMk est
égale à la divergence observée des séquences comparées. C’est la distance PAM, qui
est assez coûteuse en calcul. Kimura a proposé une formule empirique, très rapide à
calculer, qui approxime très bien la distance PAM entre paires de protéines :
d
p
p
1
0,2
2
–
–


log
–
=