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6.3 • Modèle markovien de l’évolution moléculaire
rapide. La figure 6.8 présente plusieurs formes possibles de la distribution gamma de
moyenne 1 qui dépendent d’un paramètre noté .
Cette distribution a une forme en cloche si > 1 tandis qu’elle est de forme exponentielle décroissante quand ≤ 1. Sa variance vaut 1/. Ainsi, les faibles valeurs de
modélisent les molécules dont les sites évoluent à vitesse très variable. La limite
de ce modèle de variabilité du taux d’évolution entre sites quand tend vers + est
le modèle à taux constant entre sites. La distribution gamma est utilisée par commodité technique pour modéliser la variation des taux d’évolution entre sites, sans
qu’elle n’ait de validité biologique particulière. L’usage de la distribution gamma
Figure 6.7 – Une portion d’un alignement multiple de séquences de la petite
sous-unité de la ribonucléotide réductase.
Figure 6.8 – Formes de la distribution gamma selon la valeur de son paramètre .
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6.3 • Modèle markovien de l’évolution moléculaire
rapide. La figure 6.8 présente plusieurs formes possibles de la distribution gamma de
moyenne 1 qui dépendent d’un paramètre noté .
Cette distribution a une forme en cloche si > 1 tandis qu’elle est de forme exponentielle décroissante quand ≤ 1. Sa variance vaut 1/. Ainsi, les faibles valeurs de
modélisent les molécules dont les sites évoluent à vitesse très variable. La limite
de ce modèle de variabilité du taux d’évolution entre sites quand tend vers + est
le modèle à taux constant entre sites. La distribution gamma est utilisée par commodité technique pour modéliser la variation des taux d’évolution entre sites, sans
qu’elle n’ait de validité biologique particulière. L’usage de la distribution gamma
Figure 6.7 – Une portion d’un alignement multiple de séquences de la petite
sous-unité de la ribonucléotide réductase.
Figure 6.8 – Formes de la distribution gamma selon la valeur de son paramètre .