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4.4 • BLAST
Ensuite la possibilité d’inclure des insertions-délétions a été prise en compte dans
Gapped-BLAST. Enfin, la version avec profil de BLAST appelée PSI-BLAST (Position Specific Iterative BLAST) permet de construire un profil (voir page 106) à partir
des plus forts scores issus d’un premier parcours de la banque. Ensuite, ce profil est
utilisé pour rechercher des séquences distantes de manière itérative jusqu’à ce que le
jeu de séquence soit inchangé.
ue que l’algorithme dérive
Cependant, il existe un risq
en incluant des séquences intruses et fasse dévier le profil.
À noter qu’il existe aussi d’autres variantes du programme BLAST comme PHIBLAST, qui utilise la syntaxe de PROSITE comme critère additionel de détection,
ou RPS-BLAST, DELTA-BLAST (Domain Enhanced Lookup Time Accelerated
BLAST), efficaces pour identifier des homologues lointains car ces programmes
utilisent une banque préconstruite de profils position spécifiques (PSSM).
La figure 4.12 indique les différentes versions de programmes à utiliser (à noter
que les équivalents existent pour FASTA) en fonction des séquences et des banques.
Dans toute recherche dans les banques, la distribution des séquences de la famille
chevauche partiellement la distribution des intrus, le biologiste doit donc faire un
compromis entre récupérer le maximum de séquence de sa famille au risque d’avoir
beaucoup intrus (bonne sensibilité) ou bien de récupérer le minimum d’intrus
(bonne spécificité) au risque de ne pas retenir certaines protéines homologues de la
famille.
Figure 4.11 – Organigramme de PSI-BLAST.
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4.4 • BLAST
Ensuite la possibilité d’inclure des insertions-délétions a été prise en compte dans
Gapped-BLAST. Enfin, la version avec profil de BLAST appelée PSI-BLAST (Position Specific Iterative BLAST) permet de construire un profil (voir page 106) à partir
des plus forts scores issus d’un premier parcours de la banque. Ensuite, ce profil est
utilisé pour rechercher des séquences distantes de manière itérative jusqu’à ce que le
jeu de séquence soit inchangé.
ue que l’algorithme dérive
Cependant, il existe un risq
en incluant des séquences intruses et fasse dévier le profil.
À noter qu’il existe aussi d’autres variantes du programme BLAST comme PHIBLAST, qui utilise la syntaxe de PROSITE comme critère additionel de détection,
ou RPS-BLAST, DELTA-BLAST (Domain Enhanced Lookup Time Accelerated
BLAST), efficaces pour identifier des homologues lointains car ces programmes
utilisent une banque préconstruite de profils position spécifiques (PSSM).
La figure 4.12 indique les différentes versions de programmes à utiliser (à noter
que les équivalents existent pour FASTA) en fonction des séquences et des banques.
Dans toute recherche dans les banques, la distribution des séquences de la famille
chevauche partiellement la distribution des intrus, le biologiste doit donc faire un
compromis entre récupérer le maximum de séquence de sa famille au risque d’avoir
beaucoup intrus (bonne sensibilité) ou bien de récupérer le minimum d’intrus
(bonne spécificité) au risque de ne pas retenir certaines protéines homologues de la
famille.
Figure 4.11 – Organigramme de PSI-BLAST.