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4.4 • BLAST
gnl|sp|P52152 (RHO_ALLVD) Transcription terminati ( 418) 141 37.8
0.48
gnl|sp|O51891 (RHO_BUCAP) Transcription terminati ( 419) 141 37.8
0.48
gnl|sp|D2B129 (RHO_STRRD) Transcription terminati ( 383) 138 37.2
0.68
gnl|sp|P0CH92 (RHO1_EHRCR) Transcription terminat ( 422) 138 37.2
0.73
gnl|sp|P0CH93 (RHO2_EHRCR) Transcription terminat ( 422) 138 37.2
0.73
gnl|sp|P57652 (RHO_BUCAI) Transcription terminati ( 419) 136 36.8
0.95
gnl|sp|P33561 (RHO_BORBU) Transcription terminati ( 515) 137 37.1
0.96
gnl|sp|Q9PA21 (RHO_XYLFA) Transcription terminati ( 411) 135 36.6
1.1
gnl|sp|Q06447 (RHO_NEIGO) Transcription terminati ( 419) 133 36.2
1.4
gnl|sp|P52157 (RHO_STRLI) Transcription terminati ( 707) 135 36.8
1.6
gnl|sp|P56466 (RHO_HELPY) Transcription terminati ( 438) 132 36.0
1.7
gnl|sp|Q9ZLS9 (RHO_HELPJ) Transcription terminati ( 438) 132 36.0
1.7
gnl|sp|O03070 (ATPB_HYPHO) ATP synthase subunit b ( 208) 128 34.9
1.7
gnl|sp|Q1RIJ6 (RHO_RICBR) Transcription terminati ( 449) 131 35.8
2
gnl|sp|Q68WL0 (RHO_RICTY) Transcription terminati ( 457) 131 35.8
2
gnl|sp|Q9ZD24 (RHO_RICPR) Transcription terminati ( 457) 131 35.8
2
gnl|sp|Q92HL2 (RHO_RICCN) Transcription terminati ( 458) 131 35.8
2
gnl|sp|Q4ULF7 (RHO_RICFE) Transcription terminati ( 458) 131 35.8
2
gnl|sp|P0AG32 (RHO_ECO57) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|P0AG33 (RHO_SHIFL) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|P0AG30 (RHO_ECOLI) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|P0A296 (RHO_SALTI) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|P0AG31 (RHO_ECOL6) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|P0A295 (RHO_SALTY) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|Q89A22 (RHO_BUCBP) Transcription terminati ( 419) 129 35.4
2.5
gnl|sp|P44619 (RHO_HAEIN) Transcription terminati ( 420) 129 35.4
2.5
gnl|sp|O83281 (RHO_TREPA) Transcription terminati ( 519) 130 35.7
2.5
gnl|sp|Q66JY6 (CI100_MOUSE) Vav-like protein C9or ( 344) 127 34.9
2.8
gnl|sp|C1A5H8 (RHO_GEMAT) Transcription terminati ( 737) 130 35.9
3.2
gnl|sp|Q8RG42 (RHO_FUSNN) Transcription terminati ( 413) 127 35.0
3.2
gnl|sp|Q2G493 (FMT_NOVAD) Methionyl-tRNA formyltr ( 301) 124 34.3
3.9
gnl|sp|A6UWG4 (SRP54_META3) Signal recognition 54 ( 450) 126 34.8
3.9
gnl|sp|P39180 (AG43_ECOLI) Antigen 43 OS=Escheric (1039) 130 36.0
4.1
gnl|sp|Q6L1A8 (RL18_PICTO) 50S ribosomal protein
( 158) 117 32.6
6.5
gnl|sp|A8I275 (MUTS_AZOC5) DNA mismatch repair pr ( 931) 126 35.2
6.6
gnl|sp|A5PKE4 (TEAN2_BOVIN) Transcription elongat ( 208) 118 32.9
6.9
gnl|sp|Q03222 (RHO_BACSU) Transcription terminati ( 427) 121 33.8
7.6
gnl|sp|Q57565 (SRP54_METJA) Signal recognition 54 ( 451) 121 33.9
7.9
gnl|sp|B7KHD0 (FMT_CYAP7) Methionyl-tRNA formyltr ( 334) 118 33.1
9.6
gnl|sp|P21212 (YLC7_YEREN) Uncharacterized protei ( 58) 109 30.6
9.6
gnl|sp|Q9Z661 (DCDA_ZYMMO) Diaminopimelate decarb ( 421) 119 33.4
9.8
Il existe une zone floue dans laquelle des séquences intruses s’intercalent avec des
séquences de la famille recherchée. C’est le cas des facteurs de terminaisons de la
transcription qui ont de meilleurs scores que la séquence ATPB_PARD8. La troisième partie du fichier contient les alignements par paire.
Utiliser un algorithme de recherche du type de FASTA ou BLAST pour rechercher
les séquences dans différentes espèces suppose que soit établi le fait que les
protéines ont évolué par divergence.
4.4 BLAST
Le programme BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) est un algorithme de
recherche de similitudes locales. La première étape consiste à établir la liste de mots exacts
(dans la version initiale) de longueur fixée (W = 3 protéines, W = 11 acides nucléiques).
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4.4 • BLAST
gnl|sp|P52152 (RHO_ALLVD) Transcription terminati ( 418) 141 37.8
0.48
gnl|sp|O51891 (RHO_BUCAP) Transcription terminati ( 419) 141 37.8
0.48
gnl|sp|D2B129 (RHO_STRRD) Transcription terminati ( 383) 138 37.2
0.68
gnl|sp|P0CH92 (RHO1_EHRCR) Transcription terminat ( 422) 138 37.2
0.73
gnl|sp|P0CH93 (RHO2_EHRCR) Transcription terminat ( 422) 138 37.2
0.73
gnl|sp|P57652 (RHO_BUCAI) Transcription terminati ( 419) 136 36.8
0.95
gnl|sp|P33561 (RHO_BORBU) Transcription terminati ( 515) 137 37.1
0.96
gnl|sp|Q9PA21 (RHO_XYLFA) Transcription terminati ( 411) 135 36.6
1.1
gnl|sp|Q06447 (RHO_NEIGO) Transcription terminati ( 419) 133 36.2
1.4
gnl|sp|P52157 (RHO_STRLI) Transcription terminati ( 707) 135 36.8
1.6
gnl|sp|P56466 (RHO_HELPY) Transcription terminati ( 438) 132 36.0
1.7
gnl|sp|Q9ZLS9 (RHO_HELPJ) Transcription terminati ( 438) 132 36.0
1.7
gnl|sp|O03070 (ATPB_HYPHO) ATP synthase subunit b ( 208) 128 34.9
1.7
gnl|sp|Q1RIJ6 (RHO_RICBR) Transcription terminati ( 449) 131 35.8
2
gnl|sp|Q68WL0 (RHO_RICTY) Transcription terminati ( 457) 131 35.8
2
gnl|sp|Q9ZD24 (RHO_RICPR) Transcription terminati ( 457) 131 35.8
2
gnl|sp|Q92HL2 (RHO_RICCN) Transcription terminati ( 458) 131 35.8
2
gnl|sp|Q4ULF7 (RHO_RICFE) Transcription terminati ( 458) 131 35.8
2
gnl|sp|P0AG32 (RHO_ECO57) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|P0AG33 (RHO_SHIFL) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|P0AG30 (RHO_ECOLI) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|P0A296 (RHO_SALTI) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|P0AG31 (RHO_ECOL6) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|P0A295 (RHO_SALTY) Transcription terminati ( 419) 130 35.6
2.2
gnl|sp|Q89A22 (RHO_BUCBP) Transcription terminati ( 419) 129 35.4
2.5
gnl|sp|P44619 (RHO_HAEIN) Transcription terminati ( 420) 129 35.4
2.5
gnl|sp|O83281 (RHO_TREPA) Transcription terminati ( 519) 130 35.7
2.5
gnl|sp|Q66JY6 (CI100_MOUSE) Vav-like protein C9or ( 344) 127 34.9
2.8
gnl|sp|C1A5H8 (RHO_GEMAT) Transcription terminati ( 737) 130 35.9
3.2
gnl|sp|Q8RG42 (RHO_FUSNN) Transcription terminati ( 413) 127 35.0
3.2
gnl|sp|Q2G493 (FMT_NOVAD) Methionyl-tRNA formyltr ( 301) 124 34.3
3.9
gnl|sp|A6UWG4 (SRP54_META3) Signal recognition 54 ( 450) 126 34.8
3.9
gnl|sp|P39180 (AG43_ECOLI) Antigen 43 OS=Escheric (1039) 130 36.0
4.1
gnl|sp|Q6L1A8 (RL18_PICTO) 50S ribosomal protein
( 158) 117 32.6
6.5
gnl|sp|A8I275 (MUTS_AZOC5) DNA mismatch repair pr ( 931) 126 35.2
6.6
gnl|sp|A5PKE4 (TEAN2_BOVIN) Transcription elongat ( 208) 118 32.9
6.9
gnl|sp|Q03222 (RHO_BACSU) Transcription terminati ( 427) 121 33.8
7.6
gnl|sp|Q57565 (SRP54_METJA) Signal recognition 54 ( 451) 121 33.9
7.9
gnl|sp|B7KHD0 (FMT_CYAP7) Methionyl-tRNA formyltr ( 334) 118 33.1
9.6
gnl|sp|P21212 (YLC7_YEREN) Uncharacterized protei ( 58) 109 30.6
9.6
gnl|sp|Q9Z661 (DCDA_ZYMMO) Diaminopimelate decarb ( 421) 119 33.4
9.8
Il existe une zone floue dans laquelle des séquences intruses s’intercalent avec des
séquences de la famille recherchée. C’est le cas des facteurs de terminaisons de la
transcription qui ont de meilleurs scores que la séquence ATPB_PARD8. La troisième partie du fichier contient les alignements par paire.
Utiliser un algorithme de recherche du type de FASTA ou BLAST pour rechercher
les séquences dans différentes espèces suppose que soit établi le fait que les
protéines ont évolué par divergence.
4.4 BLAST
Le programme BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) est un algorithme de
recherche de similitudes locales. La première étape consiste à établir la liste de mots exacts
(dans la version initiale) de longueur fixée (W = 3 protéines, W = 11 acides nucléiques).