Chapitre 4 • Recherche dans les banques
40
ASTA (3.47 Mar 2004) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 37, opt: 1, gap-pen: -12/-2, width: 16
The best scores are:
opt bits E(534695)
gnl|sp|P00823 (ATPA_TOBAC) ATP synthase subunit a ( 507) 3137 631.2 1.4e-179
gnl|sp|Q2MIB5 (ATPA_SOLLC) ATP synthase subunit a ( 507) 3120 627.8 1.4e-178
gnl|sp|Q27S65 (ATPA_SOLTU) ATP synthase subunit a ( 507) 3120 627.8 1.4e-178
gnl|sp|Q2MIK2 (ATPA_SOLBU) ATP synthase subunit a ( 507) 3120 627.8 1.4e-178
gnl|sp|Q3C1H4 (ATPA_NICSY) ATP synthase subunit a ( 507) 3119 627.6 1.6e-178
…
Dans cette partie, les 954 premières protéines sont des orthologues (voir
chapitre 6) de la sous-unité de l’ATP synthase et présentent une E() value < 9,1.10 –28 .
Les 1 356 suivantes (0,0052 > E-value > 2,8 10
–25
) sont des ATP synthases ou des
ATPases de flagelles ou de vacuoles. Enfin les 86 dernières sont listées ci-après.
gnl|sp|P52153 (RHO_DEIRA) Transcription terminati ( 426) 173 44.1
0.006
gnl|sp|Q619C0 (VATB_CAEBR) Probable V-type proton ( 491) 173 44.2 0.0066
gnl|sp|P31410 (VATB_HELVI) V-type proton ATPase s ( 494) 172 44.0 0.0076
gnl|sp|P31401 (VATB_MANSE) V-type proton ATPase s ( 494) 172 44.0 0.0076
gnl|sp|A6L8P2 (ATPB_PARD8) ATP synthase subunit b ( 505) 172 44.0 0.0078
gnl|sp|Q38680 (VATB2_ACEAT) V-type proton ATPase
( 492) 171 43.8 0.0087
gnl|sp|Q5R5V5 (VATB2_PONAB) V-type proton ATPase
( 511) 168 43.2
0.014
gnl|sp|P62814 (VATB2_MOUSE) V-type proton ATPase
( 511) 168 43.2
0.014
gnl|sp|P21281 (VATB2_HUMAN) V-type proton ATPase
( 511) 168 43.2
0.014
gnl|sp|P31408 (VATB2_BOVIN) V-type proton ATPase
( 511) 168 43.2
0.014
gnl|sp|P62815 (VATB2_RAT) V-type proton ATPase su ( 511) 168 43.2
0.014
gnl|sp|Q9HNE4 (VATB_HALSA) V-type ATP synthase be ( 471) 167 43.0
0.015
gnl|sp|B0R754 (VATB_HALS3) V-type ATP synthase be ( 471) 167 43.0
0.015
gnl|sp|P15313 (VATB1_HUMAN) V-type proton ATPase
( 513) 165 42.6
0.02
gnl|sp|Q76NU1 (VATB_DICDI) V-type proton ATPase s ( 493) 163 42.2
0.026
gnl|sp|P48413 (VATB_CYACA) V-type proton ATPase s ( 500) 163 42.2
0.026
gnl|sp|P22550 (VATB_CANTR) V-type proton ATPase s ( 511) 162 42.0
0.031
gnl|sp|P49712 (VATB_CHICK) V-type proton ATPase s ( 453) 161 41.8
0.032
gnl|sp|P45835 (RHO_MYCLE) Transcription terminati ( 610) 162 42.1
0.035
gnl|sp|Q25691 (VATB_PLAFA) V-type proton ATPase s ( 494) 158 41.2
0.052
gnl|sp|P66028 (RHO_MYCTU) Transcription terminati ( 602) 159 41.5
0.052
gnl|sp|P66029 (RHO_MYCBO) Transcription terminati ( 602) 159 41.5
0.052
gnl|sp|P31407 (VATB1_BOVIN) V-type proton ATPase
( 513) 158 41.2
0.054
gnl|sp|O03073 (ATPB_LONHI) ATP synthase subunit b ( 208) 153 39.9
0.056
gnl|sp|Q11Y90 (ATPB_CYTH3) ATP synthase subunit b ( 501) 157 41.0
0.06
gnl|sp|Q40079 (VATB2_HORVU) V-type proton ATPase
( 483) 156 40.8
0.068
gnl|sp|Q9SZN1 (VATB2_ARATH) V-type proton ATPase
( 487) 156 40.8
0.068
gnl|sp|Q43432 (VATB1_GOSHI) V-type proton ATPase
( 488) 156 40.8
0.068
gnl|sp|Q40078 (VATB1_HORVU) V-type proton ATPase
( 488) 156 40.8
0.068
gnl|sp|P31411 (VATB_SCHPO) V-type proton ATPase s ( 503) 155 40.6
0.08
gnl|sp|D1AWS1 (RHO_STRM9) Transcription terminati ( 416) 154 40.4
0.08
gnl|sp|O67031 (RHO_AQUAE) Transcription terminati ( 436) 153 40.2
0.095
gnl|sp|P11574 (VATB1_ARATH) V-type proton ATPase
( 486) 153 40.2
0.1
gnl|sp|Q8W4E2 (VATB3_ARATH) V-type proton ATPase
( 487) 153 40.2
0.1
gnl|sp|Q56404 (VATB_THET8) V-type ATP synthase be ( 478) 152 40.0
0.12
gnl|sp|Q72J73 (VATB_THET2) V-type ATP synthase be ( 478) 152 40.0
0.12
gnl|sp|P52154 (RHO_MICLU) Transcription terminati ( 691) 152 40.2
0.15
gnl|sp|Q9HTV1 (RHO_PSEAE) Transcription terminati ( 419) 149 39.4
0.16
gnl|sp|P38527 (RHO_THEMA) Transcription terminati ( 427) 149 39.4
0.16
gnl|sp|C7LJY3 (RHO_SULMS) Transcription terminati ( 379) 147 38.9
0.2
gnl|sp|O03077 (ATPB_OSMCI) ATP synthase subunit b ( 220) 142 37.7
0.27
gnl|sp|Q7NXP1 (RHO_CHRVO) Transcription terminati ( 418) 143 38.2
0.36
gnl|sp|Q8Y3A8 (FMT_RALSO) Methionyl-tRNA formyltr ( 327) 141 37.7
0.4
gnl|sp|P52155 (RHO_PSEFC) Transcription terminati ( 419) 142 38.0
0.42
gnl|sp|P52156 (RHO_RHOS4) Transcription terminati ( 422) 142 38.0
0.42
40
ASTA (3.47 Mar 2004) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 37, opt: 1, gap-pen: -12/-2, width: 16
The best scores are:
opt bits E(534695)
gnl|sp|P00823 (ATPA_TOBAC) ATP synthase subunit a ( 507) 3137 631.2 1.4e-179
gnl|sp|Q2MIB5 (ATPA_SOLLC) ATP synthase subunit a ( 507) 3120 627.8 1.4e-178
gnl|sp|Q27S65 (ATPA_SOLTU) ATP synthase subunit a ( 507) 3120 627.8 1.4e-178
gnl|sp|Q2MIK2 (ATPA_SOLBU) ATP synthase subunit a ( 507) 3120 627.8 1.4e-178
gnl|sp|Q3C1H4 (ATPA_NICSY) ATP synthase subunit a ( 507) 3119 627.6 1.6e-178
…
Dans cette partie, les 954 premières protéines sont des orthologues (voir
chapitre 6) de la sous-unité de l’ATP synthase et présentent une E() value < 9,1.10 –28 .
Les 1 356 suivantes (0,0052 > E-value > 2,8 10
–25
) sont des ATP synthases ou des
ATPases de flagelles ou de vacuoles. Enfin les 86 dernières sont listées ci-après.
gnl|sp|P52153 (RHO_DEIRA) Transcription terminati ( 426) 173 44.1
0.006
gnl|sp|Q619C0 (VATB_CAEBR) Probable V-type proton ( 491) 173 44.2 0.0066
gnl|sp|P31410 (VATB_HELVI) V-type proton ATPase s ( 494) 172 44.0 0.0076
gnl|sp|P31401 (VATB_MANSE) V-type proton ATPase s ( 494) 172 44.0 0.0076
gnl|sp|A6L8P2 (ATPB_PARD8) ATP synthase subunit b ( 505) 172 44.0 0.0078
gnl|sp|Q38680 (VATB2_ACEAT) V-type proton ATPase
( 492) 171 43.8 0.0087
gnl|sp|Q5R5V5 (VATB2_PONAB) V-type proton ATPase
( 511) 168 43.2
0.014
gnl|sp|P62814 (VATB2_MOUSE) V-type proton ATPase
( 511) 168 43.2
0.014
gnl|sp|P21281 (VATB2_HUMAN) V-type proton ATPase
( 511) 168 43.2
0.014
gnl|sp|P31408 (VATB2_BOVIN) V-type proton ATPase
( 511) 168 43.2
0.014
gnl|sp|P62815 (VATB2_RAT) V-type proton ATPase su ( 511) 168 43.2
0.014
gnl|sp|Q9HNE4 (VATB_HALSA) V-type ATP synthase be ( 471) 167 43.0
0.015
gnl|sp|B0R754 (VATB_HALS3) V-type ATP synthase be ( 471) 167 43.0
0.015
gnl|sp|P15313 (VATB1_HUMAN) V-type proton ATPase
( 513) 165 42.6
0.02
gnl|sp|Q76NU1 (VATB_DICDI) V-type proton ATPase s ( 493) 163 42.2
0.026
gnl|sp|P48413 (VATB_CYACA) V-type proton ATPase s ( 500) 163 42.2
0.026
gnl|sp|P22550 (VATB_CANTR) V-type proton ATPase s ( 511) 162 42.0
0.031
gnl|sp|P49712 (VATB_CHICK) V-type proton ATPase s ( 453) 161 41.8
0.032
gnl|sp|P45835 (RHO_MYCLE) Transcription terminati ( 610) 162 42.1
0.035
gnl|sp|Q25691 (VATB_PLAFA) V-type proton ATPase s ( 494) 158 41.2
0.052
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0.052
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0.052
gnl|sp|P31407 (VATB1_BOVIN) V-type proton ATPase
( 513) 158 41.2
0.054
gnl|sp|O03073 (ATPB_LONHI) ATP synthase subunit b ( 208) 153 39.9
0.056
gnl|sp|Q11Y90 (ATPB_CYTH3) ATP synthase subunit b ( 501) 157 41.0
0.06
gnl|sp|Q40079 (VATB2_HORVU) V-type proton ATPase
( 483) 156 40.8
0.068
gnl|sp|Q9SZN1 (VATB2_ARATH) V-type proton ATPase
( 487) 156 40.8
0.068
gnl|sp|Q43432 (VATB1_GOSHI) V-type proton ATPase
( 488) 156 40.8
0.068
gnl|sp|Q40078 (VATB1_HORVU) V-type proton ATPase
( 488) 156 40.8
0.068
gnl|sp|P31411 (VATB_SCHPO) V-type proton ATPase s ( 503) 155 40.6
0.08
gnl|sp|D1AWS1 (RHO_STRM9) Transcription terminati ( 416) 154 40.4
0.08
gnl|sp|O67031 (RHO_AQUAE) Transcription terminati ( 436) 153 40.2
0.095
gnl|sp|P11574 (VATB1_ARATH) V-type proton ATPase
( 486) 153 40.2
0.1
gnl|sp|Q8W4E2 (VATB3_ARATH) V-type proton ATPase
( 487) 153 40.2
0.1
gnl|sp|Q56404 (VATB_THET8) V-type ATP synthase be ( 478) 152 40.0
0.12
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0.12
gnl|sp|P52154 (RHO_MICLU) Transcription terminati ( 691) 152 40.2
0.15
gnl|sp|Q9HTV1 (RHO_PSEAE) Transcription terminati ( 419) 149 39.4
0.16
gnl|sp|P38527 (RHO_THEMA) Transcription terminati ( 427) 149 39.4
0.16
gnl|sp|C7LJY3 (RHO_SULMS) Transcription terminati ( 379) 147 38.9
0.2
gnl|sp|O03077 (ATPB_OSMCI) ATP synthase subunit b ( 220) 142 37.7
0.27
gnl|sp|Q7NXP1 (RHO_CHRVO) Transcription terminati ( 418) 143 38.2
0.36
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0.4
gnl|sp|P52155 (RHO_PSEFC) Transcription terminati ( 419) 142 38.0
0.42
gnl|sp|P52156 (RHO_RHOS4) Transcription terminati ( 422) 142 38.0
0.42