Chapitre 3 • La comparaison de deux séquences
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Enfin, une matrice dite BLOSUM (BLOck of amino acids SUbstitution Matrix)
est basée sur un découpage de zones conservées au-dessus d’un seuil d’identité
d’alignements réels. Il n’y a donc pas d’extrapolation comme pour les matrices
PAM. Ainsi, la matrice BLOSUM 62 est une des plus utilisées dans les programmes
de comparaison de séquences.
Figure 3.13 – Matrice pour la prédiction de structure secondaire.
Figure 3.14 – Matrice BLOSUM 62.
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Enfin, une matrice dite BLOSUM (BLOck of amino acids SUbstitution Matrix)
est basée sur un découpage de zones conservées au-dessus d’un seuil d’identité
d’alignements réels. Il n’y a donc pas d’extrapolation comme pour les matrices
PAM. Ainsi, la matrice BLOSUM 62 est une des plus utilisées dans les programmes
de comparaison de séquences.
Figure 3.13 – Matrice pour la prédiction de structure secondaire.
Figure 3.14 – Matrice BLOSUM 62.