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3.2 • Matrice de substitution
Les matrices sont disponibles sur le serveur ftp du NCBI (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/
blast/matrices/). Le choix de la matrice à utiliser dépend du taux de conservation des
séquences. En fonction du jeu de séquences, l’utilisateur souhaite choisir la matrice
la plus pertinente. Pour des matrices (comme par exemple PAM et BLOSUM) qui
sont établies de manière différente, une équivalence est donc nécessaire.
La figure 3.15 montre quelles matrices utiliser en fonction de la plage d’identité
couverte par les protéines. On peut remarquer que les nombres associés aux matrices
PAM et BLOSUM évoluent en sens contraire. Les programmes les plus récents sont
capables de déterminer automatiquement la matrice optimale à partir du jeu de
séquences à comparer.
Les matrices de substitution peuvent être utilisées pour construire les matrices de
points afin de comparer des séquences au niveau de leur similitude. Dans ce cas, il
suffit de calculer les scores sur des segments de longueurs impaires et de tracer un
point à l’intersection des deux résidus au centre de chaque segment si et seulement si
le score de substitution est supérieur à une valeur seuil. Cette méthode permet
d’identifier des segments similaires entre deux protéines sans que des identités
soient présentes. Il faut choisir le score seuil adapté à chaque matrice de substitution.
Figure 3.15 – Gamme d’utilisation des matrices PAM et BLOSUM.
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3.2 • Matrice de substitution
Les matrices sont disponibles sur le serveur ftp du NCBI (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/
blast/matrices/). Le choix de la matrice à utiliser dépend du taux de conservation des
séquences. En fonction du jeu de séquences, l’utilisateur souhaite choisir la matrice
la plus pertinente. Pour des matrices (comme par exemple PAM et BLOSUM) qui
sont établies de manière différente, une équivalence est donc nécessaire.
La figure 3.15 montre quelles matrices utiliser en fonction de la plage d’identité
couverte par les protéines. On peut remarquer que les nombres associés aux matrices
PAM et BLOSUM évoluent en sens contraire. Les programmes les plus récents sont
capables de déterminer automatiquement la matrice optimale à partir du jeu de
séquences à comparer.
Les matrices de substitution peuvent être utilisées pour construire les matrices de
points afin de comparer des séquences au niveau de leur similitude. Dans ce cas, il
suffit de calculer les scores sur des segments de longueurs impaires et de tracer un
point à l’intersection des deux résidus au centre de chaque segment si et seulement si
le score de substitution est supérieur à une valeur seuil. Cette méthode permet
d’identifier des segments similaires entre deux protéines sans que des identités
soient présentes. Il faut choisir le score seuil adapté à chaque matrice de substitution.
Figure 3.15 – Gamme d’utilisation des matrices PAM et BLOSUM.