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3.2 • Matrice de substitution
Plus les valeurs sont élevées plus la substitution est observée et donc plus la substitution sera favorable. Le score de comparaison des peptides est la somme des substitutions individuelles lues dans la matrice PAM250. Ainsi les scores de
transformation du peptide 1 dans les peptides 2 et 3 sont respectivement de 27 et de –32.
D’autres matrices existent comme la matrice unitaire (qui correspond à PAM0).
Cette matrice consiste à ne considérer que les identités dans les comparaisons. Ce
type de matrice peut être utilisé pour rechercher des signatures (voir chapitre 8, paragraphe 8.2).
La matrice de structure secondaire a été déterminée empiriquement de manière à
fournir la meilleure qualité de prédiction de structure secondaire sur un jeu de référence (voir méthode des plus proches voisins au chapitre 10).
Peptide 1
A
E
I
G
L
M
A E
I G
L
S E
K
I
L
-2
3
4
1 -2
2
1 3
2 1
2
1 2
3
2
4
27
Peptide 2
L
D
V
A
A
I
G D
L A
I
T Q
R
L
M
Peptide 3
W
R
G
I
Y
S
H H
D E
T
W D
C
P
C
-6 -1 -3 -3 -1 -2 -1 1 -2 0 -2 -2 3 -5 -2 -6 -32
Peptide 1
A
E
I
G
L
M
A E
I G
L
S E
K
I
L
Figure 3.12 – Matrice unitaire pour les protéines (PAM0).