Chapitre 3 • La comparaison de deux séquences
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À partir de l’alignement suivant, on peut calculer les changements A ij et la mutabilité m j .
I
D
N
F
K
N
I
D
D
W
K
N
I
D
N
F
W
K
Changements
0
1
1
1
1
0
Occurences
2
3
3
1
1
2
Mutabilité
0
1/3
1/3
1
1
0
À partir des mutabilités calculées, on peut exprimer :
(1)
qui peut être normalisée par les probabilités d’occurrences p i :
(2)
On peut ensuite calculer la matrice log PAM 1 :
(3)
On peut déduire des matrices PAM k pour des distances évolutives = k PAM.
(4)
M ij
1
m j
A ij
A ij
i 1
=
20

---------------- -
=
R ij
1
M ij
1
p i
-------=
S ij
1
R ij
1
log
=
R ij
k
R ij
( )
k
=
Figure 3.11 – Matrice PAM 250 de M. Dayhoff calculée avec le logiciel ‘pam’.