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25
3.1 • Matrice de points
• Exemples de matrices de points réelles obtenues avec des séquences
issues des banques
Vidéo dot_plot.avi. La vidéo montre comment obtenir le tracé d’une matrice de
point avec le logiciel AnTheProt. La protéine MDR1_HUMAN.seq (Protéine de
MultiDrug Resistance 1 humaine) comprenant 1 280 acides aminés est utilisée sur
les deux axes du tracé. Le tracé est effectué avec une longueur de fenêtre de 25 et un
seuil d’identité de 5. Ainsi chaque point à l’intersection des deux séquences indique
deux segments de 25 acides aminés dans lesquels 5 identités sont présentes. On peut
ainsi voir la diagonale complète et la symétrie par rapport à celle-ci du tracé. Le
Figure 3.6 – Application d’un filtre sur la matrice n° 5 (deux identités sur
trois résidus).
Figure 3.7 – Cas d’une protéine de résistance multiple aux drogues MDR_
HUMAN qui est le résultat d’une duplication en tandem de gène (voir vidéo
dot_plot.avi).
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3.1 • Matrice de points
• Exemples de matrices de points réelles obtenues avec des séquences
issues des banques
Vidéo dot_plot.avi. La vidéo montre comment obtenir le tracé d’une matrice de
point avec le logiciel AnTheProt. La protéine MDR1_HUMAN.seq (Protéine de
MultiDrug Resistance 1 humaine) comprenant 1 280 acides aminés est utilisée sur
les deux axes du tracé. Le tracé est effectué avec une longueur de fenêtre de 25 et un
seuil d’identité de 5. Ainsi chaque point à l’intersection des deux séquences indique
deux segments de 25 acides aminés dans lesquels 5 identités sont présentes. On peut
ainsi voir la diagonale complète et la symétrie par rapport à celle-ci du tracé. Le
Figure 3.6 – Application d’un filtre sur la matrice n° 5 (deux identités sur
trois résidus).
Figure 3.7 – Cas d’une protéine de résistance multiple aux drogues MDR_
HUMAN qui est le résultat d’une duplication en tandem de gène (voir vidéo
dot_plot.avi).