Chapitre 3 • La comparaison de deux séquences
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laquelle un score seuil est calculé (ici égal à 2). Cette notion de fenêtre est omniprésente en bioinformatique.
Cette technique de filtrage peut être ajustée en fonction des séquences. Ainsi pour
des séquences nucléiques, il n’est pas rare de mettre un point par segment qui
contient cinq identités dans un segment de sept bases. Ces matrices de points
peuvent être utilisées pour comparer des génomes entiers afin de voir les zones
codantes qui sont plus conservées que les régions non codantes.
Figure 3.4 – Cas de palindromes (ANA et SIS).
Figure 3.5 – Cas de transposition (exemple d’inversions des segments
« SEQENCE » et « ANALYSIS » dans la séquence).
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laquelle un score seuil est calculé (ici égal à 2). Cette notion de fenêtre est omniprésente en bioinformatique.
Cette technique de filtrage peut être ajustée en fonction des séquences. Ainsi pour
des séquences nucléiques, il n’est pas rare de mettre un point par segment qui
contient cinq identités dans un segment de sept bases. Ces matrices de points
peuvent être utilisées pour comparer des génomes entiers afin de voir les zones
codantes qui sont plus conservées que les régions non codantes.
Figure 3.4 – Cas de palindromes (ANA et SIS).
Figure 3.5 – Cas de transposition (exemple d’inversions des segments
« SEQENCE » et « ANALYSIS » dans la séquence).