Cas pratique de modélisation moléculaire de protéine par homologie
184
Recherche et sélection d’empreinte
1. Pointer sur l'URL (https://geno3d-prabi.ibcp.fr).
2. Sélectionner la banque « NPS@ 3D sequences at 95% identity (from PDB) ».
3. Remplir le formulaire avec la séquence ci-dessus et cliquer sur le bouton
submit. Le PSI-BLAST est lancé (voir chapitre 4 et figure 4.11).
4. Parcourir la liste des empreintes possibles. Que pouvez-vous dire de cette liste ?
5. Explorer les différents liens disponibles : le lien NPSA permet l’analyse de la
séquence (voir cas pratique précédent d’analyse de séquences), le lien
« pdbxxx » permet d’explorer les informations structurales des empreintes
disponibles. Le lien alignement permet de visualiser l’alignement entre la
séquence d’intérêt lors de la recherche dans la banque.
6. Cocher la case à gauche de la ligne commençant par pdb1fslB.
7. Cliquer sur le bouton select template (en bas de la page).
8. Que pouvez-vous dire du choix de cette empreinte ?
Réponse
Question 4. Une structure 3D de la protéine est disponible dans la PDB sous le
nom 1HBR-D (la première de la liste) puisque le pourcentage d’identité est de
100 %. Ceci nous servira à vérifier la qualité du modèle par la suite.
Question 8. La page suivante, non montrée ici (du même type que celle montrée
figure 11.30), montre la couverture de l’empreinte structurale par rapport à la
protéine d’intérêt. Ici, la couverture (143/144) est très bonne mais l’alignement ne
présente que 28 identités sur un alignement de 148 positions (18,9 %). Ce pourcentage d’identité étant inférieur à 30 % le programme a calculé l’accord entre les
structures secondaires (66,3 %) pour valider l’empreinte (voir figures 11.20 et
11.23). Le paramètre SOV est ici de 66,3 % ce qui permet d’envisager une modélisation à faible taux d’identité.
Figure A – La structure de l’empreinte 1HBR_D.
184
Recherche et sélection d’empreinte
1. Pointer sur l'URL (https://geno3d-prabi.ibcp.fr).
2. Sélectionner la banque « NPS@ 3D sequences at 95% identity (from PDB) ».
3. Remplir le formulaire avec la séquence ci-dessus et cliquer sur le bouton
submit. Le PSI-BLAST est lancé (voir chapitre 4 et figure 4.11).
4. Parcourir la liste des empreintes possibles. Que pouvez-vous dire de cette liste ?
5. Explorer les différents liens disponibles : le lien NPSA permet l’analyse de la
séquence (voir cas pratique précédent d’analyse de séquences), le lien
« pdbxxx » permet d’explorer les informations structurales des empreintes
disponibles. Le lien alignement permet de visualiser l’alignement entre la
séquence d’intérêt lors de la recherche dans la banque.
6. Cocher la case à gauche de la ligne commençant par pdb1fslB.
7. Cliquer sur le bouton select template (en bas de la page).
8. Que pouvez-vous dire du choix de cette empreinte ?
Réponse
Question 4. Une structure 3D de la protéine est disponible dans la PDB sous le
nom 1HBR-D (la première de la liste) puisque le pourcentage d’identité est de
100 %. Ceci nous servira à vérifier la qualité du modèle par la suite.
Question 8. La page suivante, non montrée ici (du même type que celle montrée
figure 11.30), montre la couverture de l’empreinte structurale par rapport à la
protéine d’intérêt. Ici, la couverture (143/144) est très bonne mais l’alignement ne
présente que 28 identités sur un alignement de 148 positions (18,9 %). Ce pourcentage d’identité étant inférieur à 30 % le programme a calculé l’accord entre les
structures secondaires (66,3 %) pour valider l’empreinte (voir figures 11.20 et
11.23). Le paramètre SOV est ici de 66,3 % ce qui permet d’envisager une modélisation à faible taux d’identité.
Figure A – La structure de l’empreinte 1HBR_D.