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CAS PRATIQUE DE
MODÉLISATION
MOLÉCULAIRE DE
PROTÉINE PAR
HOMOLOGIE
L’utilisateur dispose d’une séquence de protéine d’intérêt :
VHWTAEEKQLITGLWGKVNVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSP
TAILGNPMVRAHGKKVLTSFGDAVKNLDNIKNTFSQLSELHCDKLHVDPEN
FRLLGDILIIVLAAHFSKDFTPECQAAWQKLVRVVAHALARKYH
La modélisation de cette protéine va être réalisée à partir d’une empreinte structurale disponible dans le fichier PDB 1fsl (chaîne B).
OBJECTIFS
➤ Maîtriser la modélisation par homologie de protéines
➤ Choix d’empreintes (ou supports) possibles
➤ Construction
➤ Analyse de la modélisation produite
➤ Comparaison modélisation-structure expérimentale
➤ Savoir utiliser le serveur geno3D (
)
https://geno3d-prabi.ibcp.fr
RÉSUMÉ
Pour une protéine d’intérêt, le cas pratique consiste à construire un modèle 3D
de protéine via un serveur web intégré de modélisation de structure. Une
recherche de protéines homologues pouvant servir de support sera effectuée
suivie d’un alignement de séquences entre la séquence de la protéine support
et la séquence de la protéine d’intérêt. La construction sera lancée sur le
serveur. L’archive sera récupérée sur le poste local et l’analyse de la modélisation sera effectuée. Pour finir une comparaison entre le modèle et la structure
expérimentale sera réalisée.