Cas pratique d’analyse de séquences
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Comparaison des prédictions avec la structure connue
• pdb1tus http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1tus
• pdb2ins http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2ins
• pdb3adk http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3adk
• pdb1irl http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1irl
• pdb1dgc http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1dgc
• pdb1ce0 http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1ce0
• pdb1maz http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1maz
• pdb3sgb http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=13sgb
1. Visualiser chacune de ces structures en utilisant le logiciel Rasmol (ou un logiciel à votre convenance).
2. Explorer les différentes options proposées.
3. En utilisant les informations déjà disponibles, ainsi que vos hypothèses et
conclusions intermédiaires essayez d’identifier la structure qui pourrait correspondre à vos protéines. Commenter votre démarche pour chaque structure.
4. Conclure.
Réponse
Le fichier 3SGB contient la structure cristallographique du complexe XY entre les
deux protéines. La figure suivante montre la structure 3D de la triade catalytique
mise en évidence par l’analyse PROSITE (attention la numérotation des acides
aminés est différente). On peut visualiser sur cette structure l’Asp 63 (285 dans
l’alignement ci-avant) dans Y qui est situé à proximité des deux autres résidus
comme indiqué sur la structure 3D expérimentale suivante :
Figure B – Vue du site actif des protéases à sérine.