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Cas pratique d’analyse de séquences
É
4
TAPE
La structure d’une protéine Z vient d’être publiée. La séquence de la protéine Z est
indiquée ci-dessous.
IAGGEAITTGGSRCSLGFNVSVNGVAHALTAGHCTNISASWSIGTRTGTSFPNNDYGIIRHSNPAAANGRVYLYNGSY
QDITTAGNAFVGQAVQRSGSTTGLRSGSVTGLNATVNYGSSGIVYGMIQTNVCAQPGDSGGSLFAGSTALGLTSGGSG
NCRTGGTTFYQPVTEALSAYGATVL
Analyse d’une nouvelle séquence Z
1. Quelles conséquences cela peut-il avoir pour l’étude de la protéine Y ?
2. Faire une analyse prospective.
Réponse
Un alignement des séquences X et Y montre un fort taux d’identité (65 %), ce qui
ouvre la voix de la modélisation par homologie. Ainsi la séquence de la
protéine Y peut être copiée dans le serveur Geno3D (http://geno3d-pbil.ibcp.fr).
Ensuite le support pdb2sfaA est choisi ; après avoir renseigné l’adresse mail, la
modélisation est lancée. La superposition des deux structures (modèle et structure
expérimentale) donne 1,71 Å comme RMSD sur tous les C (voir figure A).
É
5
TAPE
Quelques fichiers contenant les coordonnées atomiques (X, Y, Z) de différentes
protéines sont disponibles sur le site du RCSB.
Figure A – Superposition du modèle généréé par Geno3D (trace claire) et de
la structure 3D expérimentale (trace noire).
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Cas pratique d’analyse de séquences
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La structure d’une protéine Z vient d’être publiée. La séquence de la protéine Z est
indiquée ci-dessous.
IAGGEAITTGGSRCSLGFNVSVNGVAHALTAGHCTNISASWSIGTRTGTSFPNNDYGIIRHSNPAAANGRVYLYNGSY
QDITTAGNAFVGQAVQRSGSTTGLRSGSVTGLNATVNYGSSGIVYGMIQTNVCAQPGDSGGSLFAGSTALGLTSGGSG
NCRTGGTTFYQPVTEALSAYGATVL
Analyse d’une nouvelle séquence Z
1. Quelles conséquences cela peut-il avoir pour l’étude de la protéine Y ?
2. Faire une analyse prospective.
Réponse
Un alignement des séquences X et Y montre un fort taux d’identité (65 %), ce qui
ouvre la voix de la modélisation par homologie. Ainsi la séquence de la
protéine Y peut être copiée dans le serveur Geno3D (http://geno3d-pbil.ibcp.fr).
Ensuite le support pdb2sfaA est choisi ; après avoir renseigné l’adresse mail, la
modélisation est lancée. La superposition des deux structures (modèle et structure
expérimentale) donne 1,71 Å comme RMSD sur tous les C (voir figure A).
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Quelques fichiers contenant les coordonnées atomiques (X, Y, Z) de différentes
protéines sont disponibles sur le site du RCSB.
Figure A – Superposition du modèle généréé par Geno3D (trace claire) et de
la structure 3D expérimentale (trace noire).