Cas pratique d’analyse de séquences
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5. Du fait de l’évolution convergente des protéases à sérine, BLAST n’est pas
l’outil adapté pour extraire les protéases à sérine de la banque. Il n’en détecte
d’ailleurs que 8. La bonne voie est d’extraire les séquences qui contiennent à la
fois les deux signatures décrites en 3. Faisons-le avec l’outil PattInProt (attention
bien prendre les signatures complètes dégénérées et pas les signatures trouvées
dans la séquence Y).
[LIVM]-[ST]-A-[STAG]-H-C et [DNSTAGC]-[GSTAPIMVQH]-x(2)-G-[DE]-S-G-[GS][SAPHV]-[LIVMFYWH]-[LIVMFYSTANQH].
Une recherche avec la première signature renvoie 655 séquences. Une recherche
avec la deuxième signature sur le premier fichier renvoie 548 séquences qui
possèdent les deux signatures dont on en est sûr à 100 % qu’il s’agit bien de
protéases (voir documentation PROSITE de la protéine Y ci-avant). On ne peut
aligner ces séquences car l’ordre d’apparition de ces deux motifs dans certaines
est inversé preuve d’une évolution convergente.
Prédictions de structures secondaires des protéines X et Y
1. Analyser la structure secondaire de la protéine Y complète. (http://npsapbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_seccons.html ).
2. Inclure les prédictions de structures secondaires par les méthodes (PHD, GOR4,
SOPMA, DSC).
3. Interpréter les prédictions et conclure sur l’organisation des structures secondaires de cette protéine.
4. Faire la même analyse pour la protéine X.
Réponse
Protéine Y
Tout d’abord l’accord entre les méthodes est excellent avec seulement 16 % de
résidus ambigus (ne perdons pas de vue qu’il ne s’agit que de prédictions). On
peut distinguer 2 parties 1-114 est prédite majoritairement en hélice alors que le
reste 115-299 est plutôt en brins. En fait le précurseur qui est ensuite clivé est en
hélice alors que la protéine mature est en brin beta. On peut avancer que la
protéine Y est de type tout beta et que les brins sont antiparallèles (voir l’alternance des coudes et des brins). La protéine Y est probablement très bien structurée avec une structure 3D stabilisée par les interactions entre les structures
secondaires.
Protéine X
Par opposition à la protéine Y, les méthodes de prédiction ne sont pas en accord
(30 % des résidus sont ambigus). La protéine apparait peu structurée ce qui est en
faveur d’une protéine dont la structure 3D est stabilisée par les 3 ponts SS décrits en 1.
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5. Du fait de l’évolution convergente des protéases à sérine, BLAST n’est pas
l’outil adapté pour extraire les protéases à sérine de la banque. Il n’en détecte
d’ailleurs que 8. La bonne voie est d’extraire les séquences qui contiennent à la
fois les deux signatures décrites en 3. Faisons-le avec l’outil PattInProt (attention
bien prendre les signatures complètes dégénérées et pas les signatures trouvées
dans la séquence Y).
[LIVM]-[ST]-A-[STAG]-H-C et [DNSTAGC]-[GSTAPIMVQH]-x(2)-G-[DE]-S-G-[GS][SAPHV]-[LIVMFYWH]-[LIVMFYSTANQH].
Une recherche avec la première signature renvoie 655 séquences. Une recherche
avec la deuxième signature sur le premier fichier renvoie 548 séquences qui
possèdent les deux signatures dont on en est sûr à 100 % qu’il s’agit bien de
protéases (voir documentation PROSITE de la protéine Y ci-avant). On ne peut
aligner ces séquences car l’ordre d’apparition de ces deux motifs dans certaines
est inversé preuve d’une évolution convergente.
Prédictions de structures secondaires des protéines X et Y
1. Analyser la structure secondaire de la protéine Y complète. (http://npsapbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_seccons.html ).
2. Inclure les prédictions de structures secondaires par les méthodes (PHD, GOR4,
SOPMA, DSC).
3. Interpréter les prédictions et conclure sur l’organisation des structures secondaires de cette protéine.
4. Faire la même analyse pour la protéine X.
Réponse
Protéine Y
Tout d’abord l’accord entre les méthodes est excellent avec seulement 16 % de
résidus ambigus (ne perdons pas de vue qu’il ne s’agit que de prédictions). On
peut distinguer 2 parties 1-114 est prédite majoritairement en hélice alors que le
reste 115-299 est plutôt en brins. En fait le précurseur qui est ensuite clivé est en
hélice alors que la protéine mature est en brin beta. On peut avancer que la
protéine Y est de type tout beta et que les brins sont antiparallèles (voir l’alternance des coudes et des brins). La protéine Y est probablement très bien structurée avec une structure 3D stabilisée par les interactions entre les structures
secondaires.
Protéine X
Par opposition à la protéine Y, les méthodes de prédiction ne sont pas en accord
(30 % des résidus sont ambigus). La protéine apparait peu structurée ce qui est en
faveur d’une protéine dont la structure 3D est stabilisée par les 3 ponts SS décrits en 1.