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Cas pratique de modélisation moléculaire de protéine par homologie
Lancement de la modélisation
1. Remplir le champ avec une adresse mail valide.
2. Lancer la modélisation en cliquant sur le bouton Run. Un mail est envoyé à
l’adresse indiquant que le job a été lancé.
3. Suivre dans le courrier électronique, l’arrivée d’un message indiquant que le job
est terminé (compter environ 15’ selon la charge du serveur).
Analyse de la modélisation
1. Cliquer sur le lien fourni dans le corps du message de la forme : http://geno3dpbil.ibcp.fr/cgi-bin/geno3d_automat.pl?page=/tmp/MODELING/xxxxxx/home.html
2. Cliquer le lien report.txt. Examiner les énergies des différents modèles, la
comparaison de la superposition 2 à 2 des modèles.
3. Examiner les 10 structures 3D (avec un outil de visusalisation 3D de votre choix
comme rasmol).
4. Que pouvez-vous dire de cette modélisation ? (qualité attendue du modèle,
quelle sélection feriez-vous dans les modèles retenus ?).
Réponse
Une fois enlevé le modèle 1 qui présente une énergie positive due au Trp3 qui est
chimiquement incorrect, les modèles sont en général de bonne qualité comme en
attestent les valeurs d’énergie (~ -6 kCal/mol), la convergence (~1Å) des solutions
indiquées dans le tableau « Structural agreement between models (RMSD in
angstrom) : », la qualité des propriétés géométriques (Ramachadran, la faible
déviation des valeurs canoniques des chaînes principales et latérale et la quasi
absence de violations des contraintes imposées).
Fichier report.txt
- Models energy (kcal/mol) :
. model 1 : 5914.67
. model 2 : -5720.65
. model 3 : -5706.56
. model 4 : -6015.91
. model 5 : -5810.73
. model 6 : -5652.78
. model 7 : -5765.85
. model 8 : -6039.92
. model 9 : -6000.13
. model 10 : -5770.06
- Stereochemical quality of models with PROCHECK (Roman A. Laskowski) :
core
allowed generously disallowed
Model 1 74.4%
19.4%
2.3%
3.9%
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Cas pratique de modélisation moléculaire de protéine par homologie
Lancement de la modélisation
1. Remplir le champ avec une adresse mail valide.
2. Lancer la modélisation en cliquant sur le bouton Run. Un mail est envoyé à
l’adresse indiquant que le job a été lancé.
3. Suivre dans le courrier électronique, l’arrivée d’un message indiquant que le job
est terminé (compter environ 15’ selon la charge du serveur).
Analyse de la modélisation
1. Cliquer sur le lien fourni dans le corps du message de la forme : http://geno3dpbil.ibcp.fr/cgi-bin/geno3d_automat.pl?page=/tmp/MODELING/xxxxxx/home.html
2. Cliquer le lien report.txt. Examiner les énergies des différents modèles, la
comparaison de la superposition 2 à 2 des modèles.
3. Examiner les 10 structures 3D (avec un outil de visusalisation 3D de votre choix
comme rasmol).
4. Que pouvez-vous dire de cette modélisation ? (qualité attendue du modèle,
quelle sélection feriez-vous dans les modèles retenus ?).
Réponse
Une fois enlevé le modèle 1 qui présente une énergie positive due au Trp3 qui est
chimiquement incorrect, les modèles sont en général de bonne qualité comme en
attestent les valeurs d’énergie (~ -6 kCal/mol), la convergence (~1Å) des solutions
indiquées dans le tableau « Structural agreement between models (RMSD in
angstrom) : », la qualité des propriétés géométriques (Ramachadran, la faible
déviation des valeurs canoniques des chaînes principales et latérale et la quasi
absence de violations des contraintes imposées).
Fichier report.txt
- Models energy (kcal/mol) :
. model 1 : 5914.67
. model 2 : -5720.65
. model 3 : -5706.56
. model 4 : -6015.91
. model 5 : -5810.73
. model 6 : -5652.78
. model 7 : -5765.85
. model 8 : -6039.92
. model 9 : -6000.13
. model 10 : -5770.06
- Stereochemical quality of models with PROCHECK (Roman A. Laskowski) :
core
allowed generously disallowed
Model 1 74.4%
19.4%
2.3%
3.9%