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© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
CAS PRATIQUE
D’ANALYSE DE
SÉQUENCES
É
1
TAPE
Après clonage et séquençage de l’ADN codant, la séquence d’une protéine X de
Streptromyces griseus a été déterminée et est donnée ci-après :
LAAVSVDCSEYPKPACTLEYRPLCGSDNKTYGNKCNFCNAVVESNGTLTLS
HFGKC
Dans des conditions normales, cette protéine X est exprimée mais on ne sait rien de
sa fonction. Le but de cette formation est de tirer le maximum d’informations structurales et fonctionnelles de la séquence de protéine X et d’essayer de généraliser la
stratégie à adopter dans un cas similaire.
Identification de la protéine X
1. Pointer sur l’URL (
).
http://npsa-pbil.ibcp.fr
2. Cliquer sur le lien de "ProScan: scan a sequence for sites/signatures against
PROSITE database".
3. Remplir le formulaire (copier/coller la séquence X).
OBJECTIFS
➤ Maîtriser l’analyse de séquences
➤ Identification de sites fonctionnels
➤ Recherche d’homologues
➤ Alignements de séquences
➤ Prédiction de structures secondaires
➤ Savoir utiliser le serveur NPS@ (
)
http:npsa-pbil.ibcp.fr
RÉSUMÉ
Analyser une séquence de protéine via un serveur Web intégré d’analyse de
séquence. Une recherche de protéines homologues sera effectuée suivie d’un
alignement de séquences. Ainsi, la fonction de la protéine sera prédite, la
région la plus probable du site actif sera identifiée, enfin une recherche de ce
site actif sera effectuée da
de constituer une famille
ns la banque UniProt afin
de protéines qui présente ce type de motif consensus. Les séquences présentant ce site seront ensuite alignées ensemble. Puis des prédictions de structures secondaires seront utilisées afin d’émettre des hypothèses sur la
structure de ces protéines.
© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
CAS PRATIQUE
D’ANALYSE DE
SÉQUENCES
É
1
TAPE
Après clonage et séquençage de l’ADN codant, la séquence d’une protéine X de
Streptromyces griseus a été déterminée et est donnée ci-après :
LAAVSVDCSEYPKPACTLEYRPLCGSDNKTYGNKCNFCNAVVESNGTLTLS
HFGKC
Dans des conditions normales, cette protéine X est exprimée mais on ne sait rien de
sa fonction. Le but de cette formation est de tirer le maximum d’informations structurales et fonctionnelles de la séquence de protéine X et d’essayer de généraliser la
stratégie à adopter dans un cas similaire.
Identification de la protéine X
1. Pointer sur l’URL (
).
http://npsa-pbil.ibcp.fr
2. Cliquer sur le lien de "ProScan: scan a sequence for sites/signatures against
PROSITE database".
3. Remplir le formulaire (copier/coller la séquence X).
OBJECTIFS
➤ Maîtriser l’analyse de séquences
➤ Identification de sites fonctionnels
➤ Recherche d’homologues
➤ Alignements de séquences
➤ Prédiction de structures secondaires
➤ Savoir utiliser le serveur NPS@ (
)
http:npsa-pbil.ibcp.fr
RÉSUMÉ
Analyser une séquence de protéine via un serveur Web intégré d’analyse de
séquence. Une recherche de protéines homologues sera effectuée suivie d’un
alignement de séquences. Ainsi, la fonction de la protéine sera prédite, la
région la plus probable du site actif sera identifiée, enfin une recherche de ce
site actif sera effectuée da
de constituer une famille
ns la banque UniProt afin
de protéines qui présente ce type de motif consensus. Les séquences présentant ce site seront ensuite alignées ensemble. Puis des prédictions de structures secondaires seront utilisées afin d’émettre des hypothèses sur la
structure de ces protéines.