Cas pratique d’analyse de séquences
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4. Activer l’option : Include documentation in result file.
5. Lancer la requête (Bouton SUBMIT).
6. Parcourir le fichier et l’imprimer si possible. Explorer les documentations en
suivant les liens hypertextes.
7. Lire attentivement et imprimer la documentation qui présente de l’intérêt.
8. Éventuellement changer les paramètres du calcul (Choisir d’autoriser un
mismatch, un taux de similarité…). Intérêt de ces options.
Réponse
La comparaison de la séquence X avec le dictionnaire PROSITE (voir chapitre 8,
recherche de fonctions) permet d’identifier la famille de la protéine X. Il s’agit
d’inhibiteur de protéase à sérine de la famille des ovomucoïdes et plus précisément de la famille Kazal.
Prosite access number: PS00282
Prosite documentation access number: PDOC00254
C-x(4)-{C}-x(2)-C-x-{A}-x(4)-Y-x(3)-C-x(2,3)-C.
Il s’agit de protéines dont l’organisation est connue et suit l’arrangement des
ponts disulfures suivants :
+------------------+
|
|
*******************|***
xxxxxxxxCxxxxxxCx#xxxxxCxxxxxxxxxxCxxCxxxxxxxxxxxxxxxxxC
|
|
|
|
|
+-------------|-----------------+
+----------------------------+
N.B. Il faut souligner que d’autres signatures sont détectées avec des fréquences plus
élevées et donc elles peuvent être considérées comme anecdotiques.
Recherche des protéines homologues en utilisant BLAST sur UniProt,
puis alignement de ces séquences en utilisant Clustal W
1. Revenir par Back à la page initiale (http://npsa-pbil.ibcp.fr).
2. Choisir le lien "BLAST search (protein (blastp) or nucleic (blastx) query
sequence)".
3. Copier à nouveau la séquence de X.
4. Lancer le calcul sur SWISS-PROT.
5. Analyser le fichier résultat. Pour cela aidez-vous des liens hypertextes.
6. Sélectionner les séquences qui vous paraissent intéressantes. Justifier votre
choix.
7. Les extraire (Bouton EXTRACT situé en bas de la page).
8. Aligner ces séquences avec CLUSTALW (Bouton ALIGN).
9. Conclure.
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4. Activer l’option : Include documentation in result file.
5. Lancer la requête (Bouton SUBMIT).
6. Parcourir le fichier et l’imprimer si possible. Explorer les documentations en
suivant les liens hypertextes.
7. Lire attentivement et imprimer la documentation qui présente de l’intérêt.
8. Éventuellement changer les paramètres du calcul (Choisir d’autoriser un
mismatch, un taux de similarité…). Intérêt de ces options.
Réponse
La comparaison de la séquence X avec le dictionnaire PROSITE (voir chapitre 8,
recherche de fonctions) permet d’identifier la famille de la protéine X. Il s’agit
d’inhibiteur de protéase à sérine de la famille des ovomucoïdes et plus précisément de la famille Kazal.
Prosite access number: PS00282
Prosite documentation access number: PDOC00254
C-x(4)-{C}-x(2)-C-x-{A}-x(4)-Y-x(3)-C-x(2,3)-C.
Il s’agit de protéines dont l’organisation est connue et suit l’arrangement des
ponts disulfures suivants :
+------------------+
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*******************|***
xxxxxxxxCxxxxxxCx#xxxxxCxxxxxxxxxxCxxCxxxxxxxxxxxxxxxxxC
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+-------------|-----------------+
+----------------------------+
N.B. Il faut souligner que d’autres signatures sont détectées avec des fréquences plus
élevées et donc elles peuvent être considérées comme anecdotiques.
Recherche des protéines homologues en utilisant BLAST sur UniProt,
puis alignement de ces séquences en utilisant Clustal W
1. Revenir par Back à la page initiale (http://npsa-pbil.ibcp.fr).
2. Choisir le lien "BLAST search (protein (blastp) or nucleic (blastx) query
sequence)".
3. Copier à nouveau la séquence de X.
4. Lancer le calcul sur SWISS-PROT.
5. Analyser le fichier résultat. Pour cela aidez-vous des liens hypertextes.
6. Sélectionner les séquences qui vous paraissent intéressantes. Justifier votre
choix.
7. Les extraire (Bouton EXTRACT situé en bas de la page).
8. Aligner ces séquences avec CLUSTALW (Bouton ALIGN).
9. Conclure.