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12.2 • Méthode SuMO
Les structures 3D de la PDB sont toutes transformées par un prétraitement dans
une représentation de graphes de triplets qui seront stockés dans une base de données
(figure 12.3).
Dans la phase d’identification de sites, les triplets communs sont appariés donnant
lieu à des zones ou « patches » de ressemblance (figure 12.4). Un score est calculé
pour chaque « patch » et les atomes correspondants sont superposés. Ainsi une liste
de zones potentielles est fournie par ordre décroissant de score.
Une première application est la détection de sites communs dans deux protéines de
repliements différents. Pour cela, la méthode a été validée sur des protéines ayant
subi une évolution convergente comme les protéases à Sérine. Dans ces enzymes,
seul le site actif constitué de trois résidus (Asp, His, Ser) est conservé et forme une
triade catalytique. Il faut souligner que l’ordre d’apparition de ces résidus est inversé
dans la chymotrypsine et la subtilisine comme illustré dans la figure 12.5 et que cela
rend inopérantes les méthodes d’alignement de séquences.
Le fichier résultat fourni par SuMO et présenté dans la figure 12.6 montre que les
résidus de la triade catalytique sont détectés en premier et que leur appariement est
correct comme le montre la figure 12.7.
Figure 12.3 – Graphe des groupements chimiques triplets (A), graphe des
triplets connectés (B).
Figure 12.4 – Comparaison de triplets de groupements chimiques connectés.
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12.2 • Méthode SuMO
Les structures 3D de la PDB sont toutes transformées par un prétraitement dans
une représentation de graphes de triplets qui seront stockés dans une base de données
(figure 12.3).
Dans la phase d’identification de sites, les triplets communs sont appariés donnant
lieu à des zones ou « patches » de ressemblance (figure 12.4). Un score est calculé
pour chaque « patch » et les atomes correspondants sont superposés. Ainsi une liste
de zones potentielles est fournie par ordre décroissant de score.
Une première application est la détection de sites communs dans deux protéines de
repliements différents. Pour cela, la méthode a été validée sur des protéines ayant
subi une évolution convergente comme les protéases à Sérine. Dans ces enzymes,
seul le site actif constitué de trois résidus (Asp, His, Ser) est conservé et forme une
triade catalytique. Il faut souligner que l’ordre d’apparition de ces résidus est inversé
dans la chymotrypsine et la subtilisine comme illustré dans la figure 12.5 et que cela
rend inopérantes les méthodes d’alignement de séquences.
Le fichier résultat fourni par SuMO et présenté dans la figure 12.6 montre que les
résidus de la triade catalytique sont détectés en premier et que leur appariement est
correct comme le montre la figure 12.7.
Figure 12.3 – Graphe des groupements chimiques triplets (A), graphe des
triplets connectés (B).
Figure 12.4 – Comparaison de triplets de groupements chimiques connectés.