Chapitre 12 • Détection de sites 3D dans les protéines
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12.2 MÉTHODE U
S MO
Les acides aminés sont décomposés en groupements physico-chimiques qui peuvent
être impliqués dans la notion de sites (figure 12.1).
Dans l’étape suivante (figure 12.2), seuls les groupements physico-chimiques
accessibles au solvant sont conservés, puis les groupements proches (d < 6 Å) sont
reliés donnant des triplets de groupements connectés dans lesquels seuls ceux orientés vers l’extérieur de la protéine seront conservés.
À partir des triplets, un graphe de triplet est généré dans lequel un triplet est un
sommet et deux triplets ayant une arête commune sont connectés (figure 12.3).
Figure 12.1 – Définition des groupements fonctionnels des acides aminés.
Figure 12.2 – Construction des triplets de groupements physico-chimiques.
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12.2 MÉTHODE U
S MO
Les acides aminés sont décomposés en groupements physico-chimiques qui peuvent
être impliqués dans la notion de sites (figure 12.1).
Dans l’étape suivante (figure 12.2), seuls les groupements physico-chimiques
accessibles au solvant sont conservés, puis les groupements proches (d < 6 Å) sont
reliés donnant des triplets de groupements connectés dans lesquels seuls ceux orientés vers l’extérieur de la protéine seront conservés.
À partir des triplets, un graphe de triplet est généré dans lequel un triplet est un
sommet et deux triplets ayant une arête commune sont connectés (figure 12.3).
Figure 12.1 – Définition des groupements fonctionnels des acides aminés.
Figure 12.2 – Construction des triplets de groupements physico-chimiques.