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163
11.8 • Modélisation de structures 3D
écart-type associé. Ceci définira un intervalle de variation possible pour la position
des atomes correspondants et communs avec la séquence d’intérêt. Ainsi, d’après
l’alignement, il est possible de produire une liste de distances et d’angles entre les
atomes communs. Ces distances et angles seront ensuite imposés à la séquence au
moyen d’une procédure de géométrie des distances couramment utilisée par exemple
en modélisation sous contraintes en RMN. Cette procédure est commune à Geno3D
et Modeller, la différence reposant essentiellement sur la méthode d’optimisation de
la géométrie. Dans le cas de Geno3D, l’énergie est minimisée à l’aide d’un champ de
force au moyen du programme X-PLOR ou CNS et 10 modèles dont les conformations
sont optimisées par dynamique
perposés et proposés à l’utilisateur.
moléculaire sont su
Dans Modeller, il s’agit d’une fonction « objectif » empirique qui est optimisée et
un modèle final est généré. Modeller produit des modèles de bonne qualité et est
particulièrement rapide. Il nécessite l’installation du programme avec une clé de
licence et ne peut pas être utilisé directement
Internet. Cette construction globale
via
permet aussi d’introduire des contraintes expérimentales (transfert de fluorescence,
réticulation, structures secondaires, RMN) dans le processus de modélisation. Enfin,
la superposition des solutions proposées met en évidence les variations possibles
indiquant les régions difficiles à modéliser.
Un modèle est toujours faux, l’important est qu’il soit utile. Sur la base de son observation, il permet de formuler des hypothèses qui seront testées expérimentalement
et qui valideront le modèle. Le modèle sera modifié en cas de non-validation.
Les modèles obtenus doivent être confrontés à l’expérience.
La qualité d’un modèle est dépendante du pourcentage d’identité et cette qualité
va influer sur le domaine d’utilisation du modèle comme indiqué dans la figure 11.32.
Une erreur classique à éviter est de surestimer la qualité du modèle pour tenter d’en
tirer des informations qu’il ne peut pas fournir.
11.8.3 Les alphabets structuraux
L’idée de constituer des alphabets structuraux vient probablement du fait que la
connaissance de la structure secondaire est insuffisante pour reconstruire la
Figure 11.31 – Exemple de superposition sur les C de 10 modèles générés
par geno3D.
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11.8 • Modélisation de structures 3D
écart-type associé. Ceci définira un intervalle de variation possible pour la position
des atomes correspondants et communs avec la séquence d’intérêt. Ainsi, d’après
l’alignement, il est possible de produire une liste de distances et d’angles entre les
atomes communs. Ces distances et angles seront ensuite imposés à la séquence au
moyen d’une procédure de géométrie des distances couramment utilisée par exemple
en modélisation sous contraintes en RMN. Cette procédure est commune à Geno3D
et Modeller, la différence reposant essentiellement sur la méthode d’optimisation de
la géométrie. Dans le cas de Geno3D, l’énergie est minimisée à l’aide d’un champ de
force au moyen du programme X-PLOR ou CNS et 10 modèles dont les conformations
sont optimisées par dynamique
perposés et proposés à l’utilisateur.
moléculaire sont su
Dans Modeller, il s’agit d’une fonction « objectif » empirique qui est optimisée et
un modèle final est généré. Modeller produit des modèles de bonne qualité et est
particulièrement rapide. Il nécessite l’installation du programme avec une clé de
licence et ne peut pas être utilisé directement
Internet. Cette construction globale
via
permet aussi d’introduire des contraintes expérimentales (transfert de fluorescence,
réticulation, structures secondaires, RMN) dans le processus de modélisation. Enfin,
la superposition des solutions proposées met en évidence les variations possibles
indiquant les régions difficiles à modéliser.
Un modèle est toujours faux, l’important est qu’il soit utile. Sur la base de son observation, il permet de formuler des hypothèses qui seront testées expérimentalement
et qui valideront le modèle. Le modèle sera modifié en cas de non-validation.
Les modèles obtenus doivent être confrontés à l’expérience.
La qualité d’un modèle est dépendante du pourcentage d’identité et cette qualité
va influer sur le domaine d’utilisation du modèle comme indiqué dans la figure 11.32.
Une erreur classique à éviter est de surestimer la qualité du modèle pour tenter d’en
tirer des informations qu’il ne peut pas fournir.
11.8.3 Les alphabets structuraux
L’idée de constituer des alphabets structuraux vient probablement du fait que la
connaissance de la structure secondaire est insuffisante pour reconstruire la
Figure 11.31 – Exemple de superposition sur les C de 10 modèles générés
par geno3D.