Chapitre 11 • Prédiction de structures 3D
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L’inconvénient majeur de cette procédure de construction est qu’une seule
empreinte est utilisée. Or si plusieurs empreintes sont disponibles, la prise en
compte de toutes ces empreintes présente des avantages. Tout d’abord, un modèle
complet peut être obtenu à partir de plusieurs empreintes partielles mais chevauchantes (voir figure 11.30).
Par ailleurs, la convergence des structures empreintes en certaines régions est un
facteur indicatif de la qualité du modèle important pour le biologiste. Enfin, ceci
permet de générer des modèles pour des taux d’identités faibles. Pour toutes ces
raisons, une autre approche dite globale et géométrique (« distance geometry ») est
actuellement préférée.
La « distance geometry » consiste à trouver les coordonnées de points à partir
d’un jeu de distances les séparant. On peut décrire un objet soit en termes de
coordonnées spatiales soit en terme de distances relatives des éléments constitutifs. Si toutes les distances sont connues, il est très facile de trouver mathématiquement les coordonnées des éléments. La difficulté en modélisation vient du
manque de distances mesurables à cause des différences de séquences.
Cette méthode consiste à superposer tout d’abord les empreintes disponibles afin
de calculer pour chaque atome une distance moyenne dans les empreintes avec un
Figure 11.30 – Chevauchement de quatre empreintes potentielles (geno3D).
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L’inconvénient majeur de cette procédure de construction est qu’une seule
empreinte est utilisée. Or si plusieurs empreintes sont disponibles, la prise en
compte de toutes ces empreintes présente des avantages. Tout d’abord, un modèle
complet peut être obtenu à partir de plusieurs empreintes partielles mais chevauchantes (voir figure 11.30).
Par ailleurs, la convergence des structures empreintes en certaines régions est un
facteur indicatif de la qualité du modèle important pour le biologiste. Enfin, ceci
permet de générer des modèles pour des taux d’identités faibles. Pour toutes ces
raisons, une autre approche dite globale et géométrique (« distance geometry ») est
actuellement préférée.
La « distance geometry » consiste à trouver les coordonnées de points à partir
d’un jeu de distances les séparant. On peut décrire un objet soit en termes de
coordonnées spatiales soit en terme de distances relatives des éléments constitutifs. Si toutes les distances sont connues, il est très facile de trouver mathématiquement les coordonnées des éléments. La difficulté en modélisation vient du
manque de distances mesurables à cause des différences de séquences.
Cette méthode consiste à superposer tout d’abord les empreintes disponibles afin
de calculer pour chaque atome une distance moyenne dans les empreintes avec un
Figure 11.30 – Chevauchement de quatre empreintes potentielles (geno3D).