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11.8 • Modélisation de structures 3D
le logiciel Swiss-pdb Viewer qui présente l’avantage d’une génération instantanée
(figure 11.28).
Si les séquences sont un peu plus éloignées, une autre approche consiste à construire
tout d’abord les blocs structuralement très conservés (SCR) et à les relier ensuite par
des boucles modélisées. Dans ce processus, la modélisation des boucles intervient en
dernier. La construction de boucles peut se faire sans référence à une structure 3D
connue (génération de novo) ou bien en recherchant dans la PDB quelles sont les
boucles déjà construites qui pourraient s’ajuster sur le modèle. Dans ce dernier cas,
une liste de boucles est produite et l’utilisateur peut parcourir la liste avec un contrôle
graphique simultané de la qualité de l’insertion (paramètres de fermeture sur le modèle en
cours de création, identités entre la boucle trouvée et la séquence à insérer) figure 11.29.
Figure 11.28 – Création d’un modèle automatique avec Swiss-pdb Viewer de FASL_
MOUSE (noir) à partir du support 1TNRA (gris clair) avec l’alignement de la figure 11.27.
Figure 11.29 – Insertion interactive de boucles candidates avec Swiss-pdb Viewer.
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11.8 • Modélisation de structures 3D
le logiciel Swiss-pdb Viewer qui présente l’avantage d’une génération instantanée
(figure 11.28).
Si les séquences sont un peu plus éloignées, une autre approche consiste à construire
tout d’abord les blocs structuralement très conservés (SCR) et à les relier ensuite par
des boucles modélisées. Dans ce processus, la modélisation des boucles intervient en
dernier. La construction de boucles peut se faire sans référence à une structure 3D
connue (génération de novo) ou bien en recherchant dans la PDB quelles sont les
boucles déjà construites qui pourraient s’ajuster sur le modèle. Dans ce dernier cas,
une liste de boucles est produite et l’utilisateur peut parcourir la liste avec un contrôle
graphique simultané de la qualité de l’insertion (paramètres de fermeture sur le modèle en
cours de création, identités entre la boucle trouvée et la séquence à insérer) figure 11.29.
Figure 11.28 – Création d’un modèle automatique avec Swiss-pdb Viewer de FASL_
MOUSE (noir) à partir du support 1TNRA (gris clair) avec l’alignement de la figure 11.27.
Figure 11.29 – Insertion interactive de boucles candidates avec Swiss-pdb Viewer.