Chapitre 1 • La composition en acides aminés
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1.2 INFORMATIONS DÉDUITES DE LA COMPOSITION
EN ACIDES AMINÉS
La première information dérivable d’une séquence est la composition en acides aminés. Cette composition (nombre et pourcentage de chacun des acides aminés) peut
aussi être obtenue expérimentalement par des méthodes d’analyse biochimiques.
Si la composition en acide aminé d’une protéine X est biaisée par rapport à la
composition moyenne de l’ensemble des protéines, on dit que la protéine X
présente une faible complexité. Cette faible complexité peut aussi ne concerner
qu’une partie de la séquence. Ainsi, dans certains récepteurs stéroïdiens, on
observe jusqu’à 37 glutamines consécutives constituant un cas extrême de faible
complexité.
La composition permet au biochimiste de calculer la masse moléculaire théorique
M de la protéine en utilisant la relation suivante :
où m i
( ) est la masse moléculaire de l’acide aminé i et N le nombre d’acides aminés.
Connaissant la composition en acides aminés, le coefficient  280 d’extinction
molaire à 280 nm se calcule grâce à la relation suivante :
 280 = [N Trp × 5 500] + [N Tyr × 1 490] + [N Cys × 125].
Il est alors possible de doser précisément par spectrophotométrie (densité optique)
la concentration en protéine grâce à la relation de Beer-Lambert :
DO 280 =  280 L C
où L
C
est la longueur du trajet optique, la concentration en g/l.
Enfin, le pI (ou point isoélectrique d’une protéine) correspond à la valeur de pH
telle que
= 0 dans la relation suivante :
NC
NC est le nombre de charges théoriques portées par la protéine.
Tableau 1.1 – Les pKa des acides aminés ionisables.
I
j
pKa i
pKa j
His
Ser
6,00
13,60
Arg
Tyr
12,48
10,10
Lys
10,53
Glu
4,20
N ter
9,80
13,60
Thr
Asp
3,86
C ter
2,10
Cys
8,33
M
m i
  18
1
N –



–
i 1
=
N

=
NC
Ni 1
10
pka i
 
–
10
pka i
 
–
10
pH
–
+
----------------------------------------- -
–






i

Nj
10
pka j
 
–
10
pka j
 
–
10
pH
–
+
------------------------------------------ -






j

–
=