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1.1 • Acides aminés et séquence
Le génome humain comprend 3,4.10
9
bases et coderait pour 20 563 séquences
protéiques.
La bioinformatique s’est emparée très tôt de la comparaison des séquences. En
effet, au sens informatique, il s’agit principalement de comparer des mots entre eux,
rechercher des mots communs, trouver le plus grand mot commun, aligner les mots
en autorisant des « jokers » à certaines positions.
Le nombre de séquences de longueur 100 réalisable à partir de 20 acides aminés
différente (20
100
) est supérieur au nombre d’atomes dans l’Univers (~10
80
).
Combien de séquences protéiques différentes peut-on
générer en théorie ?
Le nombre de séquences différentes de lo
ssible de générer
ngueur N qu’il est po
en prenant les 20 acides aminés principaux est 20
N
.
Exemples :
Peptide (5 acides aminés) : 20
5
Protéine de taille standard moyenne de 400 acides aminés : 20
400
Protéome humain (soit ~20 000 protéines de longueur moyenne 400) : 20
8 000 000
Figure 1.3 – Diagramme de Venn des propriétés des acides aminés.
CART
EN