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11.4 • Classification de structures 3D
11.4 C
3D
LASSIFICATION DE STRUCTURES
Plusieurs systèmes de classification des structures 3D ont été proposés comme
SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/) ou CATH (http://www.cathdb.info/).
Dans CATH, il s’agit d’une classification hiérarchique des structures des domaines
protéiques qui regroupe les protéines à quatre niveaux principaux, Classe (C), Architecture (A), Topologie (T) et superfamilles (H) Homologues. La classe, dérivée du
contenu de structure secondaire, est assignée pour plus de 90 % de structures de
protéine automatiquement. L’architecture décrit l’orientation des structures secondaires indépendamment des connectivités, et est actuellement assignée manuellement. Le niveau Topologie groupe les structures selon leurs raccordements
topologiques et le nombre de structures secondaires. Les superfamilles homologues
groupent des protéines avec des structures et des fonctions fortement semblables.
Ainsi, pour être incluses dans la même superfamille, les séquences/structures
doivent satisfaire une des conditions suivantes :
• présenter plus de 35 % d’identité et 60 % de chevauchement de la plus grande
protéine ;
• avoir un score d’alignement des structures secondaires > 80 % et un %Id >20 % ;
• avoir un score d’alignement des structures secondaires > 70 % et 60 % de chevauchement de la plus grande protéine avec des informations supplémentaires sur la
fonction ;
• être sélectionnés par un profil (HMMER).
Enfin, soulignons que les attributions des structures aux niveaux Topologie et
Superfamilles impliquent des comparaisons de séquences et de structures. Le
programme DALI (http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali) répertorie l’ensemble
des protéines qui sont regroupées après une méthode de comparaison structurale tout
contre tout dans une base appelée FSSP.
Tableau 11.1 – Quelques logiciels existant pour visualiser les molécules.
Nom
Institution ou développeur
URL
Rasmol
R. Sayle
http://www.rasmol.org/
AnTheProt
IBCP Université Lyon, France
http://antheprot-pbil.ibcp.fr
SYBYL
Tripos
http://tripos.com/index.php
Discovery
studio
Accelrys Software Inc
http://accelrys.com/products/discoverystudio/
PyMol
W. Delano
http://www.pymol.org/
CHIMERA
Université San Francisco
Californie
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
DeepView
Swiss Institute of Bioinformatics
http://spdbv.vital-it.ch/
VMD
Université de l’Illinois à UrbanaChampain, USA
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
YASARA
YASARA Biosciences
http://www.yasara.org/
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11.4 • Classification de structures 3D
11.4 C
3D
LASSIFICATION DE STRUCTURES
Plusieurs systèmes de classification des structures 3D ont été proposés comme
SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/) ou CATH (http://www.cathdb.info/).
Dans CATH, il s’agit d’une classification hiérarchique des structures des domaines
protéiques qui regroupe les protéines à quatre niveaux principaux, Classe (C), Architecture (A), Topologie (T) et superfamilles (H) Homologues. La classe, dérivée du
contenu de structure secondaire, est assignée pour plus de 90 % de structures de
protéine automatiquement. L’architecture décrit l’orientation des structures secondaires indépendamment des connectivités, et est actuellement assignée manuellement. Le niveau Topologie groupe les structures selon leurs raccordements
topologiques et le nombre de structures secondaires. Les superfamilles homologues
groupent des protéines avec des structures et des fonctions fortement semblables.
Ainsi, pour être incluses dans la même superfamille, les séquences/structures
doivent satisfaire une des conditions suivantes :
• présenter plus de 35 % d’identité et 60 % de chevauchement de la plus grande
protéine ;
• avoir un score d’alignement des structures secondaires > 80 % et un %Id >20 % ;
• avoir un score d’alignement des structures secondaires > 70 % et 60 % de chevauchement de la plus grande protéine avec des informations supplémentaires sur la
fonction ;
• être sélectionnés par un profil (HMMER).
Enfin, soulignons que les attributions des structures aux niveaux Topologie et
Superfamilles impliquent des comparaisons de séquences et de structures. Le
programme DALI (http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali) répertorie l’ensemble
des protéines qui sont regroupées après une méthode de comparaison structurale tout
contre tout dans une base appelée FSSP.
Tableau 11.1 – Quelques logiciels existant pour visualiser les molécules.
Nom
Institution ou développeur
URL
Rasmol
R. Sayle
http://www.rasmol.org/
AnTheProt
IBCP Université Lyon, France
http://antheprot-pbil.ibcp.fr
SYBYL
Tripos
http://tripos.com/index.php
Discovery
studio
Accelrys Software Inc
http://accelrys.com/products/discoverystudio/
PyMol
W. Delano
http://www.pymol.org/
CHIMERA
Université San Francisco
Californie
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
DeepView
Swiss Institute of Bioinformatics
http://spdbv.vital-it.ch/
VMD
Université de l’Illinois à UrbanaChampain, USA
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
YASARA
YASARA Biosciences
http://www.yasara.org/