Chapitre 11 • Prédiction de structures 3D
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Sur ces représentations peuvent être codées des couleurs par type d’atomes,
d’acides aminés, par chaîne, par propriétés (potentiel électrostatique par exemple).
Vidéo antheprot.avi. La vidéo illustre les différents modes de représentation des
structures 3D des protéines à l’aide du logiciel AnTheProt. La protéine est la myoglobine code PDB: 1MBN. On y voit tour à tour les Carbones alpha colorés par
chaîne (bleu) puis par structure secondaire (hélice en jaune). Puis la surface moléculaire est calculée avec une sphère de rayon 1.4 Angstrœm. L’interactivité est
démontrée grâce au trackball. Puis une coloration par structure secondaire (rouge et
gris) est plaquée sur la surface. Ensuite, nouveau mode de couleur (33") les résidus
hydrophobes en bleu sombre, hydrophiles (en rouge) et neutre en gris. Encore, une
coloration selon la nature des résidus d’acides aminés. On voit les 20 acides aminés
avec des couleurs propres. À 45", la surface est rendue transparente (on voit ainsi le
« squelette protéinique » dans son « enveloppe »).
Figure 11.6 – Mode liaisons bâtons.
Figure 11.7 – Mode sphères pleines
ombrées.
Figure 11.8 – Mode boules et bâtons.
Figure 11.9 – Surface exclue au solvant
(dite Connolly).