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11.3 • Les différents modes de représentations
Le mode atomique possède trois options le mode ou seules les liaisons interatomiques (bâtons) sont visibles et le mode sphère ou les atomes sont représentés par
des sphères de rayon égal au rayon de van der Vaals et le mode mixte boule et bâtons
surtout utilisé pour les petites molécules chimiques (ligands). Le mode surface est
probablement le mode le plus réaliste pour étudier les interactions. Deux types de
surfaces peuvent être calculés ; la surface accessible au solvant (ASA) dans laquelle
la trajectoire parcourue par le rayon d’une sphère de 1.4 Å à la surface des atomes
est calculée pendant un déplacement itératif. Par construction, cette surface est
uniquement convexe ; la surface exclue du solvant qui est la surface de contact entre
une sphère et les atomes. Cette surface peut être concave et convexe et est incluse par
définition dans la surface accessible au solvant.
Figure 11.3 – Mode trace.
Figure 11.4 – Mode rubans.
Figure 11.5 – Modes de calcul de surface moléculaire.