Chapitre 11 • Prédiction de structures 3D
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calculée en se basant sur la chimie exacte de la protéine dont les atomes sont identifiés. Plusieurs problèmes concernant cette recherche de connectivité peuvent se
produire. Tout d’abord, il peut manquer des atomes (ceux enlevés pour obtenir des
cristaux, mauvaise définition). Réciproquement, il peut y avoir des atomes supplémentaires (acétylation, montage de surexpression, chimère). Enfin, la nomenclature
entre le fichier PDB et le référentiel doit être identique sous peine de mauvaises
interprétations.
Partie atomique partielle d’un fichier PDB
REMARK FILENAME="MINI_5.PDB"
ATOM
1 CA MET
1
-0.399 20.462 -11.874 1.00 0.00
ATOM
2 HA MET
1
-0.827 19.859 -11.089 1.00 0.00
ATOM
3 CB MET
1
0.010 19.571 -13.053 1.00 0.00
ATOM
4 HB1 MET
1
1.081 19.428 -13.041 1.00 0.00
ATOM
5 HB2 MET
1
-0.279 20.044 -13.980 1.00 0.00
ATOM
6 CG MET
1
-0.683 18.212 -12.934 1.00 0.00
ATOM
7 HG1 MET
1
-1.020 17.895 -13.910 1.00 0.00
ATOM
8 HG2 MET
1
-1.532 18.296 -12.271 1.00 0.00
ATOM
9 SD MET
1
0.483 16.996 -12.273 1.00 0.00
ATOM
10 CE MET
1
-0.650 16.201 -11.107 1.00 0.00
ATOM
11 HE1 MET
1
-0.128 15.414 -10.579 1.00 0.00
ATOM
12 HE2 MET
1
-1.484 15.778 -11.644 1.00 0.00
ATOM
13 HE3 MET
1
-1.014 16.936 -10.402 1.00 0.00
ATOM
14 C
MET
1
0.810 21.246 -11.346 1.00 0.00
ATOM
15 O
MET
1
0.910 22.444 -11.535 1.00 0.00
ATOM
16 N
MET
1
-1.425 21.397 -12.428 1.00 0.00
ATOM
17 HT1 MET
1
-1.044 21.874 -13.270 1.00 0.00
ATOM
18 HT2 MET
1
-1.671 22.108 -11.709 1.00 0.00
ATOM
19 HT3 MET
1
-2.277 20.863 -12.692 1.00 0.00
ATOM
20 N
ASP
2
1.727 20.570 -10.686 1.00 0.00
ATOM
21 HN ASP
2
1.615 19.607 -10.554 1.00 0.00
ATOM
22 CA ASP
2
2.943 21.252 -10.133 1.00 0.00
ATOM
23 HA ASP
2
3.567 20.537 -9.623 1.00 0.00
ATOM
24 CB ASP
2
3.676 21.804 -11.352 1.00 0.00
ATOM
25 HB1 ASP
2
3.322 22.800 -11.564 1.00 0.00
ATOM
26 HB2 ASP
2
3.477 21.165 -12.195 1.00 0.00
Les fichiers PDB en général ne contiennent pas les coordonnées des atomes
d’hydrogène H du fait de leur « transparence » aux rayons X. Il importe donc de
positionner les atomes d’H sur la position des atomes dits lourds avant tout calcul
d’énergie, de liaisons hydrogènes ou de surface.
11.3 LES
REPRÉSENTATIONS
DIFFÉRENTS MODES DE
Les principaux modes de représentations utiles en biologie des structures sont
donnés ci-après et sont aussi illustrés dans la vidéo antheprot.avi.
Le mode le plus simple est le mode trace dans lequel les C successifs sont reliés
entre eux. Rappelons que cette représentation n’a pas de réalité chimique et qu’elle
est utile pour appréhender les structures secondaires. Une variante est la représentation par rubans.
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calculée en se basant sur la chimie exacte de la protéine dont les atomes sont identifiés. Plusieurs problèmes concernant cette recherche de connectivité peuvent se
produire. Tout d’abord, il peut manquer des atomes (ceux enlevés pour obtenir des
cristaux, mauvaise définition). Réciproquement, il peut y avoir des atomes supplémentaires (acétylation, montage de surexpression, chimère). Enfin, la nomenclature
entre le fichier PDB et le référentiel doit être identique sous peine de mauvaises
interprétations.
Partie atomique partielle d’un fichier PDB
REMARK FILENAME="MINI_5.PDB"
ATOM
1 CA MET
1
-0.399 20.462 -11.874 1.00 0.00
ATOM
2 HA MET
1
-0.827 19.859 -11.089 1.00 0.00
ATOM
3 CB MET
1
0.010 19.571 -13.053 1.00 0.00
ATOM
4 HB1 MET
1
1.081 19.428 -13.041 1.00 0.00
ATOM
5 HB2 MET
1
-0.279 20.044 -13.980 1.00 0.00
ATOM
6 CG MET
1
-0.683 18.212 -12.934 1.00 0.00
ATOM
7 HG1 MET
1
-1.020 17.895 -13.910 1.00 0.00
ATOM
8 HG2 MET
1
-1.532 18.296 -12.271 1.00 0.00
ATOM
9 SD MET
1
0.483 16.996 -12.273 1.00 0.00
ATOM
10 CE MET
1
-0.650 16.201 -11.107 1.00 0.00
ATOM
11 HE1 MET
1
-0.128 15.414 -10.579 1.00 0.00
ATOM
12 HE2 MET
1
-1.484 15.778 -11.644 1.00 0.00
ATOM
13 HE3 MET
1
-1.014 16.936 -10.402 1.00 0.00
ATOM
14 C
MET
1
0.810 21.246 -11.346 1.00 0.00
ATOM
15 O
MET
1
0.910 22.444 -11.535 1.00 0.00
ATOM
16 N
MET
1
-1.425 21.397 -12.428 1.00 0.00
ATOM
17 HT1 MET
1
-1.044 21.874 -13.270 1.00 0.00
ATOM
18 HT2 MET
1
-1.671 22.108 -11.709 1.00 0.00
ATOM
19 HT3 MET
1
-2.277 20.863 -12.692 1.00 0.00
ATOM
20 N
ASP
2
1.727 20.570 -10.686 1.00 0.00
ATOM
21 HN ASP
2
1.615 19.607 -10.554 1.00 0.00
ATOM
22 CA ASP
2
2.943 21.252 -10.133 1.00 0.00
ATOM
23 HA ASP
2
3.567 20.537 -9.623 1.00 0.00
ATOM
24 CB ASP
2
3.676 21.804 -11.352 1.00 0.00
ATOM
25 HB1 ASP
2
3.322 22.800 -11.564 1.00 0.00
ATOM
26 HB2 ASP
2
3.477 21.165 -12.195 1.00 0.00
Les fichiers PDB en général ne contiennent pas les coordonnées des atomes
d’hydrogène H du fait de leur « transparence » aux rayons X. Il importe donc de
positionner les atomes d’H sur la position des atomes dits lourds avant tout calcul
d’énergie, de liaisons hydrogènes ou de surface.
11.3 LES
REPRÉSENTATIONS
DIFFÉRENTS MODES DE
Les principaux modes de représentations utiles en biologie des structures sont
donnés ci-après et sont aussi illustrés dans la vidéo antheprot.avi.
Le mode le plus simple est le mode trace dans lequel les C successifs sont reliés
entre eux. Rappelons que cette représentation n’a pas de réalité chimique et qu’elle
est utile pour appréhender les structures secondaires. Une variante est la représentation par rubans.