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PRÉDICTION DE
STRUCTURES 3D
11.1 PRINCIPE
MÉTHODES
DES
DE DÉTERMINATION
EXPÉRIMENTALE
Les méthodes pour déterminer les structures 3D sont de trois types différents :
– la cristallographie aux rayons X (Xray) voir figure 11.1 ;
– la résonance magnétique nucléaire (RMN) voir figure 11.2 ;
– la cryo-microscopie électronique (CryoEM).
La CryoEM n’atteint pas encore la résolution de la cristallographie et de la RMN
mais les développements technologiques et les microscopes ont beaucoup progressé
et une résolution de 5 Å est envisageable ; cette technologie est utile pour visualiser
des gros édifices moléculaires.
PLAN
11.1 Principe des méthodes de détermination expérimentale
11.2 Le format PDB
11.3 Les différents modes de représentations
11.4 Classification de structures 3D
11.5 Comparaison des structures 3D
11.6 Énergétique moléculaire
11.7 Optimisation de structures 3D
11.8 Modélisation de la structure 3D des protéines
OBJECTIFS
➤ Connaître le principe de la cristallographie et de la RMN
➤ Comprendre la description du format PDB
➤ Savoir visualiser une structure 3D
➤ Mécanique moléculaire - Champs de force.
➤ Connaître les méthodes de prédiction de la structure 3D des protéines
➤ Savoir modéliser par homologie la structure 3D d’une protéine