Chapitre 11 • Prédiction de structures 3D
140
11.2 L
PDB
E FORMAT
Les structures 3D expérimentales des macromolécules biologiques sont contenues
dans la banque PDB (voir page 11). Il s’agit en fait de fichiers textes qui suivent un
format hérité du langage de programmation FORTRAN utilisant les cartes perforées.
Cela explique que le format soit défini à partir de colonnes. Chaque ligne débute par
une étiquette comme indiqué ci-après :
Listes des étiquettes trouvées dans les six premières colonnes
1. Section titre
HEADER, OBSLTE, TITLE, CAVEAT, COMPND, SOURCE, KEYWDS, EXPDTA, AUTHOR, REVDAT,
SPRSDE, JRNL, REMARK, REMARK 1, REMARK 2, REMARK 3, REMARK 4 - 999
2. Section structure primaire
DBREF, SEQADV, SEQRES, MODRES
3. Section hétérogène
HET, HETNAM, HETSYN, FORMUL
4. Section structure secondaire
HELIX, SHEET, TURN
5. Section annotation de connectivité
SSBOND, LINK, HYDBND, SLTBRG, CISPEP
6. Section autres caractéristiques
SITE
7. Section cristallographie et transformation de coordonnées
CRYST1, ORIGXn, SCALEn, MTRIXn, TVECT
8. Section des coordonnées
MODEL, ATOM, SIGATM, ANISOU, SIGUIJ, TER, HETATM, ENDMDL
9. Section connectivité
CONECT
10. Section comptable
MASTER, END
Description des informations trouvées dans les colonnes
COLUMNS
DATA TYPE
FIELD
DEFINITION
---------------------------------------------------------------------------1 - 6
Record name
"ATOM "
7 - 11
Integer
serial
Atom serial number.
13 - 16
Atom
name
Atom name.
17
Character
altLoc
Alternate location indicator.
18 - 20
Residue name
resName
Residue name.
22
Character
chainID
Chain identifier.
23 - 26
Integer
resSeq
Residue sequence number.
27
AChar
iCode
Code for insertion of residues.
31 - 38
Real(8.3)
x
Orthogonal coordinates for X
39 - 46
Real(8.3)
y
Orthogonal coordinates for Y
47 - 54
Real(8.3)
z
Orthogonal coordinates for Z
55 - 60
Real(6.2)
occupancy
Occupancy.
61 - 66
Real(6.2)
tempFactor
Temperature factor.
73 - 76
LString(4)
segID
Segment identifier,left-justified.
77 - 78
LString(2)
element
Element symbol, right-justified.
79 - 80
LString(2)
charge
Charge on the atom.
Il faut souligner que la connexion entre les atomes n’est pas indiquée de façon
générale et que les logiciels doivent d’abord calculer la « connectivité » entre les
atomes avant de visualiser la structure. La connectivité peut être calculée à partir des
distances interatomiques et par comparaison avec un référentiel. Elle peut aussi être
140
11.2 L
PDB
E FORMAT
Les structures 3D expérimentales des macromolécules biologiques sont contenues
dans la banque PDB (voir page 11). Il s’agit en fait de fichiers textes qui suivent un
format hérité du langage de programmation FORTRAN utilisant les cartes perforées.
Cela explique que le format soit défini à partir de colonnes. Chaque ligne débute par
une étiquette comme indiqué ci-après :
Listes des étiquettes trouvées dans les six premières colonnes
1. Section titre
HEADER, OBSLTE, TITLE, CAVEAT, COMPND, SOURCE, KEYWDS, EXPDTA, AUTHOR, REVDAT,
SPRSDE, JRNL, REMARK, REMARK 1, REMARK 2, REMARK 3, REMARK 4 - 999
2. Section structure primaire
DBREF, SEQADV, SEQRES, MODRES
3. Section hétérogène
HET, HETNAM, HETSYN, FORMUL
4. Section structure secondaire
HELIX, SHEET, TURN
5. Section annotation de connectivité
SSBOND, LINK, HYDBND, SLTBRG, CISPEP
6. Section autres caractéristiques
SITE
7. Section cristallographie et transformation de coordonnées
CRYST1, ORIGXn, SCALEn, MTRIXn, TVECT
8. Section des coordonnées
MODEL, ATOM, SIGATM, ANISOU, SIGUIJ, TER, HETATM, ENDMDL
9. Section connectivité
CONECT
10. Section comptable
MASTER, END
Description des informations trouvées dans les colonnes
COLUMNS
DATA TYPE
FIELD
DEFINITION
---------------------------------------------------------------------------1 - 6
Record name
"ATOM "
7 - 11
Integer
serial
Atom serial number.
13 - 16
Atom
name
Atom name.
17
Character
altLoc
Alternate location indicator.
18 - 20
Residue name
resName
Residue name.
22
Character
chainID
Chain identifier.
23 - 26
Integer
resSeq
Residue sequence number.
27
AChar
iCode
Code for insertion of residues.
31 - 38
Real(8.3)
x
Orthogonal coordinates for X
39 - 46
Real(8.3)
y
Orthogonal coordinates for Y
47 - 54
Real(8.3)
z
Orthogonal coordinates for Z
55 - 60
Real(6.2)
occupancy
Occupancy.
61 - 66
Real(6.2)
tempFactor
Temperature factor.
73 - 76
LString(4)
segID
Segment identifier,left-justified.
77 - 78
LString(2)
element
Element symbol, right-justified.
79 - 80
LString(2)
charge
Charge on the atom.
Il faut souligner que la connexion entre les atomes n’est pas indiquée de façon
générale et que les logiciels doivent d’abord calculer la « connectivité » entre les
atomes avant de visualiser la structure. La connectivité peut être calculée à partir des
distances interatomiques et par comparaison avec un référentiel. Elle peut aussi être