Chapitre 10 • Prédictions de structures secondaires
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où o j
( ) désigne une teneur en structure secondaire observée de type i dans la protéine
j p j
j
et ( ) est la teneur prédite pour la protéine pour le même état i.
Sachant que 50 % des acides aminés sont dans un état apériodique, si la totalité
des acides aminés est prédite comme apériodique, le Q 3 sera égal à 50 %, ce qui
est mieux que les 33 % attendus par le hasard.
Cependant, ces indices sont basés sur la qualité de prédiction par acide aminé et
ne renseignent pas sur la mise en correspondance des éléments de structure secondaire prédits et observés. Un paramètre Sov(Structural overlap) qui mesure l’accord
entre un élément de structure prédit et observé a été développé. Le Sov mesure le
degré de chevauchement (selon la figure 10.14) d’éléments de N éléments de structures secondaires :
où
où minov : longueur de la structure secondaire chevauchante entre la source Sq et la
cible St
maxov : longueur maximale des structures secondaires chevauchantes entre la
source Sq et la cible St.
Sov
100
1
N
--- -
minov Sq St


  Sq St



+
maxov Sq St



---------------------------------------------------------------- -
S i
 

i
H E C
 




len Sq
 
=
 Sq St



min
maxov Sq St


 minov Sq St


; minov Sq St



–
int len
Sq
2
----- -
 
 



 ; int len
St
2
---- -
 
 









=
Figure 10.14 – Schéma explicatif minov et maxov.