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10.8 • Critères de qualité prédictive
Elles peuvent également être utilisées par les structuralistes pour prédire les
limites des régions structurées en vue de produire des domaines stables lorsque des
difficultés importantes existent pour résoudre la structure entière.
Cela a été le cas pour le domaine de fixation à l’ADN du répresseur FruR ou le
domaine surexprimé dans la bactérie a été prédit grâce aux méthodes de prévisions
des structures secondaires.
10.8 CRITÈRES DE QUALITÉ PRÉDICTIVE
Les critères d’évaluation de la qualité de prédiction ont évolué en même temps que
les méthodes se sont développées.
Le premier indice est le Qk ou pourcentage d’acides aminés bien prédits dans
l’état i parmi k possibilités.
où NC i
( ) est le nombre d’acides aminés correctement prédits dans l’état conformationnel ,
i No i
i
( ) est le nombre de résidus observés dans l’état . Bien que longtemps
utilisé, cet indice souffre d’une qualité qui dépend de la valeur de k, et qui n’indique
pas la corrélation entre la prédiction et l’observation.
Afin de fournir un indice de qualité un coefficient de corrélation C i
( ) peut être calculé :
où p i
( ) : nombre de résidus correctement prédits dans l’état i et observés en i (vrais positifs)
n(i) : nombre de résidus correctement non prédits dans l’état i et non observés en i (vrais
négatifs)
u i
i
i
( ) : nombre de résidus non prédits dans l’état et observés en (faux négatifs)
o i
i
i
( ) : nombre de résidus prédits dans l’état et non observés en (faux positifs).
Enfin on peut calculer l’écart quadratique
) moyen de la déviation entre la
(i
teneur en structure secondaire i à partir de la prédiction et d’observation à l’aide de :
Figure 10.13 – Superposition des quatre motifs de fixation de l’ATP dans
1GKY, 5P21, 3ADK et 1ETU (RMSD sur les C 0,9 Å).
Qk%
100
NC i
No i
-------------- -
i 1
=
k
=
C i
p i
n i
u i
o i
–
n i
u i
+
n i
o i
+
p i
u i
+
p i
o i
+
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -
=
i
o j
p j
–
2
j 1
=
n
=
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10.8 • Critères de qualité prédictive
Elles peuvent également être utilisées par les structuralistes pour prédire les
limites des régions structurées en vue de produire des domaines stables lorsque des
difficultés importantes existent pour résoudre la structure entière.
Cela a été le cas pour le domaine de fixation à l’ADN du répresseur FruR ou le
domaine surexprimé dans la bactérie a été prédit grâce aux méthodes de prévisions
des structures secondaires.
10.8 CRITÈRES DE QUALITÉ PRÉDICTIVE
Les critères d’évaluation de la qualité de prédiction ont évolué en même temps que
les méthodes se sont développées.
Le premier indice est le Qk ou pourcentage d’acides aminés bien prédits dans
l’état i parmi k possibilités.
où NC i
( ) est le nombre d’acides aminés correctement prédits dans l’état conformationnel ,
i No i
i
( ) est le nombre de résidus observés dans l’état . Bien que longtemps
utilisé, cet indice souffre d’une qualité qui dépend de la valeur de k, et qui n’indique
pas la corrélation entre la prédiction et l’observation.
Afin de fournir un indice de qualité un coefficient de corrélation C i
( ) peut être calculé :
où p i
( ) : nombre de résidus correctement prédits dans l’état i et observés en i (vrais positifs)
n(i) : nombre de résidus correctement non prédits dans l’état i et non observés en i (vrais
négatifs)
u i
i
i
( ) : nombre de résidus non prédits dans l’état et observés en (faux négatifs)
o i
i
i
( ) : nombre de résidus prédits dans l’état et non observés en (faux positifs).
Enfin on peut calculer l’écart quadratique
) moyen de la déviation entre la
(i
teneur en structure secondaire i à partir de la prédiction et d’observation à l’aide de :
Figure 10.13 – Superposition des quatre motifs de fixation de l’ATP dans
1GKY, 5P21, 3ADK et 1ETU (RMSD sur les C 0,9 Å).
Qk%
100
NC i
No i
-------------- -
i 1
=
k
=
C i
p i
n i
u i
o i
–
n i
u i
+
n i
o i
+
p i
u i
+
p i
o i
+
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- -
=
i
o j
p j
–
2
j 1
=
n
=